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藥物設計學/唐赟 圖書 ![](/liaode/images/fjie0.gif)
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4參考文獻4第一篇導論篇第章藥物設計概述6什麼是藥物6藥物的基本概念62藥物的主要屬性83藥物的主要來源84藥物發現的歷史回顧92什麼是藥物設計02藥物設計的基本概念022藥物設計的主要特性223藥物設計的起源324藥物設計的發展歷程63一個經典的藥物設計實例83靶標確定832先導化合物發現933靶標結構模型設想2034先導化合物結構優化235卡托普利誕生的意義224藥物設計所需的知識技能和條件23本章小結24思考題25參考文獻25拓展閱讀26第二篇基礎篇第2章藥物設計的分子基礎282概述2822藥物分子結構特征2922手性30222類藥性32223藥物分子結構解析33224配體效率3523靶標分子結構特征3623蛋白質37232糖46233核酸4724藥物靶標相互作用原理5024藥物作用的分子藥理學基礎50242藥物靶標相互作用模式50243藥物靶標相互作用類型5本章小結52思考題52參考文獻52拓展閱讀53第3章藥物設計的理論基礎543概述5432分子模擬基本知識5532幾個常用名稱56322分子文件格式5733量子力學6033量子力學的起源60332量子力學基本理論62333量子力學計算方法64334量子化學在藥物研究中的應用6634分子力學7034分子力學力場70342常用的分子力場72343分子力學與量子力學比較7435分子動力學7535分子動力學基本原理76352常用分子動力學方法76353分子動力學模擬的應用7736結合自由能計算8036自由能微擾和熱力學積分方法8362基於經驗方程的結合自由能計算方法83363基於分子動力學采樣的自由能預測方法85本章小結88思考題88參考文獻拓展閱讀90第4章藥物設計的信息學基礎94概述942信息學基礎知識9342數據庫基礎93422統計學基礎9543信息處理的基本方法9743信息處理的一般流程97432學習策略98433統計分析方法99434機器學習方法00435神經網絡與深度學習04436模型評價07437模型構建工具0944化學信息處理44化學分子結構表達2442分子結構的數學描述5443分子相似性計算8444預測模型構建9445虛擬化合物庫設計245生物信息處理2345序列分析24452蛋白質結構預測25453同源模建27454序列比對和結構預測的在線資源和工具28本章小結29思考題29參考文獻30拓展閱讀3第5章傳統藥物設計方法325概述3252先導化合物的發現3352基於天然產物活性成分發現先導化合物33522基於內源性生物活性物質發現先導化合物34523基於藥物的副作用發現先導化合物35524基於藥物的代謝作用發現先導化合物36525化合物庫篩選發現先導化合物36526其它途徑3753先導化合物優化原則3754生物電子等排原理3854生物電子等排體的由來38542生物電子等排體的類型39543生物電子等排原理的應用4055前藥原理4255前藥的定義及基本特征42552前藥設計時需要考慮的問題43553前藥原理的應用4456拼合原理4657其它先導化合物優化方法47本章小結49思考題49參考文獻49拓展閱讀50第三篇方法篇第6章藥物靶標識別與預測526概述5262靶標識別與確證5363網絡藥理學與靶標預測5464基於結構的靶標預測5764反向分子對接58642反向藥效團匹配5965基於配體的靶標預測6065相似性搜索60652機器學習6266基於網絡的靶標預測6466基於網絡推理方法64662藥物子結構驅動的網絡推理算法68663基於隨機遊走方法70664基於基因表達譜方法767靶標預測方法的應用7267藥物重定位73672活性化合物的潛在靶標預測7768靶標預測的在線資源和工具80本章小結82思考題83參考文獻83拓展閱讀86第7章計算機輔助先導化合物發現877合理藥物設計概述8772分子對接72分子對接基本概念722分子對接的一般流程90723配體構像搜索方法9724受體柔性處理方法93725打分函數94726分子對接工具97727分子對接的應用9873藥效團模建9973藥效團基本概念99732藥效團特征99733藥效團模型的構建20734藥效團模型的應用20274虛擬篩選20374虛擬篩選概念203742基於結構的虛擬篩選204743基於配體的虛擬篩選206744虛擬篩選的應用2075全新藥物設計275全新設計的基本概念2752全新設計的一般流程22753全新藥物設計的應用2676應用實例2776研究背景27762基於結構虛擬篩選發現ERβ選擇性配體28763基於活性化合物的相似性搜索22764ER配體藥效團模型構建222765采用組合虛擬篩選策略發現新型選擇性ERβ配體223766研究小結227本章小結227思考題228參考文獻228拓展閱讀230第8章計算機輔助先導化合物優化238概述2382經典QSAR方法23282QSAR基本概念232822QSAR發展簡史233823QSAR的三個支柱235824QSAR模型構建步驟239825QSAR建模的注意事項240826QSAR應用24827相關軟件和網絡資源242833DQSAR方法24283CoMFA方法243832CoMSIA方法244833基於靶標結構的3DQSAR方法2458343DQSAR應用實例24584基於結構的先導化合物優化25284分子模擬技術的應用252842基團變換策略253843合環開環策略255844鄰位修飾策略257845肽鍵變換策略25885骨架躍遷25985骨架的定義259852骨架躍遷的起源和發展259853骨架相似性的量度26854骨架躍遷的方法分類26855骨架躍遷的應用26686基於性質的先導化合物優化26686分子骨架庫構建266862骨架指紋的定義268863骨架躍遷的程序實現269864ADMET性質優化案例27本章小結273思考題274參考文獻274拓展閱讀276第9章藥代動力學性質與毒性預測2779概述27792藥物的體內過程273ADMET預測的一般流程28094藥物理化性質預測24脂溶性282942水溶性283943pKa值28595藥代動力學性質預測28795吸收287952分布29953代謝296藥物毒性預測30696藥物毒理學簡介306962計算毒理學的出現和發展307963毒性預測模型3064警示子結構識別3497相關軟件和網絡資源37本章小結320思考題320參考文獻320拓展閱讀325第四篇應用篇第0章藥物設計應用實例3280概述3280基於配體藥物設計的成功實例32902基於結構藥物設計的成功實例33002靶向神經氨酸酶的抗流感病毒藥物設計33202酶抑制劑設計概述332022流感與神經氨酸酶332023扎那米韋的設計334024奧司他韋的設計335025案例啟示33603靶向μ阿片受體的新型鎮痛藥物設計33703GPCR配體設計337032鎮痛藥與阿片受體338033新型鎮痛藥的設計過程339034案例啟示3404靶向MDM2p53相互作用界面的抗腫瘤藥物設計3404蛋白蛋白相互作用34042腫瘤與MDM2p53相互作用342043MDM2抑制劑的發現歷程344044案例啟示34605靶向雄激素受體DNA相互作用界面的抗腫瘤藥物設計34605蛋白質DNA相互作用346052雄激素受體與前列腺癌346053虛擬篩選獲得苗頭化合物347054CADD輔助先導化合物優化348055案例啟示348本章小結349思考題349參考文獻349拓展閱讀35中文索引352英文索引357
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