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本書對蛋白質分子模擬領域的原理、發展和應用，特別是對該領域的熱點和難點問題，結合實際進行了深入的討論。力求做到理論聯繫實際，學術思想新穎。主要包括以下六方面的內容：一、分子動力學模擬方法。二、蛋白質復合物結構預測。三、用分子模擬方法研究蛋白質折疊。四、關於粗粒化模型。六、藥物分子設計方法與應用。本書的內容涉及分子模擬領域十分廣闊的範圍，各章節的作者都在該研究領域進行過多年的實踐，並做出過很好很好的工作，具有分子模擬方面的豐富的研究經驗。