《孫文垣醫案》是《赤水玄珠全集》(又稱《孫一奎醫學全書》)內之一種，由孫一奎之子編輯，成書於明萬歷元年(1573)，一名《赤水玄珠醫案》，又名《生生子醫案》，按孫氏臨證所在地區不同而分為《三吳治驗》(一、二卷)、《新都治驗》(三、四卷)及《宜興治驗》(五卷)，共收載驗案三百九十七則。《孫文垣醫案》論病詳確，臨癥精思，論證有獨見，治病有特色，文筆流暢，語言通俗。本書較全面地反映孫氏診治特色及臨床經驗，足堪後人師法，且對發掘整理研究中醫藥學及指導臨床作出了一定的貢獻。
《孫文垣醫案》版本眾多，如明萬歷十二年甲申刻本、古歙黃鼎明萬歷二十四年丙申刻本、清汲古閣刻本、日本明歷三年風月堂莊左衛門刊本、清東佛鎮天寶樓刻本等。

醫案一卷
三吳治驗
萬歷龍飛二年吳小峰小川目疾
萬歷甲戌瀋中丞案
張孝廉後渠大頭疫
吳江孫行人痛風(有發明)
鄭都諫公子痘(有發明)
張文學子心病虛弱(有發明)
大宗伯董潯陽翁脾胃疾(有發明)
董龍山夫人便血
馬廚瘧痢並發(有發明)
吳肖峰令政腹痛(有發明)
大光祿龐太夫人寒熱頭痛，飽悶
光祿公痰火脅痛(有發明)
張思軒夫人心痺(有發明)
馬迪庵公內傷，腹脹，大小便不利(有發明)
潘大司馬腸風
馬鳳林內子隱疾(有發明)
舜田臧公氣虛中滿
金溪令君臧老夫人大頭疫(有發明)
潘見所公半身不遂(有發明)
見所公白濁(有發明)
凌夫人孕
金元岩令眷產後痢
瀋別駕夫人產後發熱(有發明)
吳太夫人白帶
吳北海令政經行四肢累累發塊紅紫
周刍玉白濁
竹匠婦妊娠吐血胸腹脹痛(有發明)
李妓夢遺咳嗽
金妓時疫
曹鏜胸膈不暢
李雙痛風
瀋別駕門下老僕三陽合病(有發明)
蔡中林內人陽明少陽合病
吳九宜先生早晨洩瀉
瀋大官左膝腫痛不能起止
瀋繼庵下痢脫肛，內人干霍亂
瀋晴嶽先生五*耳鳴
潘景宇內人頭痛作瀉
臧六老上吐血下瀉血
臧氏婦臍邊痛下痢紅白
丁耀川令堂吐血，左胯肛門互換作痛
丁文學令姊暈厥
金良關咳嗽吐紅，潮熱，左脅不能臥
倪五娘子口眼歪斜
王祖泉令政頭痛惡寒，汗出如雨
……
醫案二卷
醫案三卷
醫案四卷
醫案五卷