《傷寒貫珠集》全書8卷。卷一和卷二為太陽篇，卷三和卷四為陽明篇，卷五為少陽篇，卷六為太陰篇，卷七為少陰篇，卷八為厥陰篇。本書未過多追究《傷寒論》中是否有錯簡和編次是否被竄亂的問題，而主要著眼於辨證論治，故按六經分篇，進而按治法類分諸證，然後再注釋《傷寒論》條文。本書由何清湖主編。

卷一 太陽篇上
辨列太陽條例大意
太陽正治法**
太陽病脈證三條
桂枝湯脈證七條
桂枝湯禁三條
麻黃湯脈證七條
合病證治六條
辨傷寒受病陰陽不同一條
太陽病愈時日及欲解之候與傳經之證六條
太陽權變法第二
不可發汗例十條
桂枝二越婢一湯脈證一條
桂枝麻黃各半湯脈證一條
大青龍湯脈證二條
小青龍湯脈證二條
十棗湯證治一條
五苓散證治一條
表實裡虛四逆湯先救裡一條
陽微先汗陰微先下隨脈施治一條
傷寒裡虛法先補裡二條
結陰代陰脈法一條
太陽斡旋法第三
服桂枝湯後證治六條
發汗後脈證治法十五條
發汗吐下解後病脈證治三條
太陽傳本證治七條

卷二 太陽篇下
太陽救逆法第四
論結胸髒結之異三條
論結胸及痞之源一條
論結胸證治十條
痞證七條
懊農煩滿證治六條
下利脈證五條
下後諸變證治八條
誤汗下及吐後諸變脈證十三條
火逆十條
太陽類病法第五
溫病一條
風溫一條
痙病七條
濕病五條
風濕四條
喝病三條
霍亂十一條
飲證一條
卷三 陽明篇上
辨列陽明條例大意
陽明正治法**
陽明府病證十二條
調胃承氣湯證四條
小承氣湯證二條
大承氣湯證九條
白虎加人參湯證三條
陽明經病脈因證治十一條
陽明病風寒不同證治八條

卷四 陽明篇下
陽明明辨法第二
表裡虛實生死之辨九條
陽明可下不可下之辨十五條
陽明雜治法第三
發黃證治七條
蓄血證治二條

卷五 少陽篇
辨列少陽條例大意
少陽正治法**
少陽證一條
小柴胡湯證九條
少陽汗吐下之禁二條
辨少陽邪氣進退之機四條
少陽權變法第二
柴胡桂枝湯證一條
柴胡桂枝干姜湯證一條
柴胡加芒硝湯證一條
大柴胡湯證一條
少陽刺法第三
刺法四條

卷六 太陰篇
辨列太陰條例大意
太陰諸法
太陰藏病脈證治六條
太陰經病證治二條
太陰經藏俱病一條
太陰病愈期一條

卷七 少陰篇
論列少陰條例大意
少陰諸法
少陰脈證四條
少陰清法七條
少陰下法三條
少陰溫法十五條
少陰生死法十二條
少陰病禁四條

卷八 厥陰篇
辨列厥陰條例大意
厥陰諸法
厥陰病脈證五條
厥陰進退之機七條
厥陰生死微甚之辨十五條
厥陰清法五條
厥陰溫法九條
厥陰病禁二條
簡誤九條
差後諸病七條