吳崐編著的《針方六集》共分六卷分別是：卷一《神照集》，論經脈流注經穴及奇穴；卷二《開蒙集》，載《竇太師標幽賦》（吳注）、八法針方（八穴）、五門針方（五腧穴），及十二經補母瀉子法；卷三《尊經集》，集錄《內經》中有關針灸的內容共148節；卷四《旁通集》，作者闡發針灸學的一些短論45節，修金針賦24條，對於八法的理論尤獨特的見解；卷五《紛署集》，詳述身體各部位的腧穴的取穴方法和主病；卷六《兼羅集》，載玉龍歌等歌賦注釋以及灸法等。現存初刻本、抄本。

卷之一 神照集
手足三陰三陽流注總論一
十二藏相使貴賤
手足六陰經及任脈經穴起止詳後
手足六陽經及督脈經穴起止詳後
正人明堂經穴總圖二
伏人明堂經穴總圖三
《靈樞》骨度四
《明堂》取穴法五
正人髒腑圖六
伏人髒腑圖七
手太陰肺經圖穴八
手太陰肺經
手太陰肺經所發十一穴
肺經穴法分寸歌
手陽明大腸經圖穴九
手陽明大腸經
手陽明大腸經所發二十穴
大腸經穴法分寸歌
足陽明胃經圖穴十
足陽明胃經
足陽明胃經所發四十五穴
足陽明經穴法分寸歌
足太陰脾經圖穴十一
足太陰脾經
足太陰脾經所發二十一穴
脾經穴法分寸歌
手少陰心經圖穴十二
手少陰心經
手少陰心經所發九穴
心經穴法分寸歌
手太陽小腸經圖穴十三
手太陽小腸經
手太陽小腸經所發一十九穴
小腸經穴法分寸歌
足太陽膀胱經圖穴十四
足太陽膀胱經
足太陽膀胱經所發六十三穴
膀胱經穴法分寸歌
足少陰腎經圖穴十五
足少陰腎經
足少陰腎經所發二十七穴
腎經穴法分寸歌
心主手厥陰包絡經圖穴十六
心主手厥陰心包絡經
手厥陰心包絡脈所發九穴
心包絡經部穴分寸歌
手少陽三焦經圖穴十七
手少陽三焦經
手少陽三焦經所發二十三穴
三焦經部穴分寸歌
足少陽膽經圖穴十八
足少陽膽經
足少陽膽經所發四十四穴
膽經穴法分寸歌
足厥陰肝經圖穴十九
足厥陰肝經
足厥陰肝經所發一十三穴-
肝經穴法分寸歌
督脈圖穴二十
督脈
督脈所發二十七穴
督脈經穴分寸歌
任脈圖穴二十一
任脈
任脈所發二十四穴
任脈穴法分寸歌
衝脈二十二
《針經》衝脈所發一十二穴
衝脈經穴歌
帶脈二十三
《針經》帶脈所發二穴
帶脈穴歌
陽蹻脈二十四
《針經》陽蹻脈所發一十穴
陽蹻穴歌
陰蹻脈二十五
《針經》陰蹻脈所發二穴
陰蹻穴歌
陽維脈二十六
《針經》陽維脈所發一十三穴
陽維穴歌
陰維脈二十七
《針經》陰維脈所發七穴
陰維穴歌
附 《針經》不載諸家奇穴二十八
睛中穴主治內障二十九
龍木居士金針撥轉瞳人妙訣
針內障秘訣歌
針內障要歌
卷之二 開蒙集
卷之三 尊經集
卷之四 旁通集
卷之五 紛署集
卷之六 兼羅集
點評
附錄