●前言
章 緒論
1.1 背景
1.2 國內外研究現狀
1.3 算法與復雜性
1.4 P類、NP類及NPC類問題
1.5 NP難問題及其近似算法
1.6 多項式時間近似方案
1.7 NPC命題的證明
1.8 本書主要工作
參考文獻
第2章 RNA折疊結構與能量模型
2.1 RNA結構與堿基序列
2.2 RNA結構介紹
2.2.1 RNA二級結構
2.2.2 RNA三級結構
2.3 RNA二級結構預測方法
2.3.1 序列對比方法
2.3.2 親緣分析法
2.3.3 熱動力學最小自由能量方法
2.4 假結結構
2.5 自由能量模型
2.5.1 自由能量參數
2.5.2 最鄰近鄰居模型
參考文獻
第3章 典型的RNA結構預測算法簡介
3.1 引言
3.1.1 研究目標
3.1.2 擬解決的有關科學問題
3.2 MFOLD算法
3.3 優選基對數算法
3.4 包含假結的RNA折疊結構預測
3.5 Rivas算法與JR算法
3.5.1 Rivas算法
3.5.2 JR算法
3.6 Lyngso算法
3.7 優化組合算法
3.8 Abrahams算法
參考文獻
第4章 包含假結的RNA折疊結構預測啟發式算法
4.1 引言
4.2 RNA折疊結構分析
4.3 計算優選堆疊的RNA二級結構預測算法
4.3.1 算法設計
4.3.2 算法思想
4.3.3 算法分析
4.3.4 實驗結果
4.3.5 實驗對比分析
4.3.6 結論
4.4 啟發式算法設計
4.5 算法復雜性分析
4.6 實驗結果
參考文獻
第5章 計算優選堆疊數的多項式時間近似方案
5.1 引言
5.2 RNA折疊結構中優選堆疊數問題的復雜性
5.3 計算優選堆疊數算法
5.4 基於莖區的計算優選堆疊數問題近似方案
參考文獻
第6章 帶假結的RNA折疊結構預測近似算法
6.1 引言
6.2 平面RNA二級結構的近似算法
6.3 一般RNA二級結構的近似算法
6.4 平面RNA結構中的NP完全性
6.4.1 RNA折疊結構序列構建
6.4.2 If-part的正確性
6.4.3 Only-ifpart的正確性
參考文獻
第7章 基於BHG的RNA折疊結構預測算法
7.1 基本概念
7.2 基於BHG的RNA折疊結構預測方案
參考文獻
第8章 RNA折疊結構與基因編輯技術
8.1 簡介
8.2 技術原理
8.2.1 基因編輯是DNA斷裂及修復機制的技術
8.2.2 重組核酸酶介導技術
8.3 技術應用
8.3.1 國際基因編輯技術進展
8.3.2 我國基因編輯技術進展
參考文獻
第9章 總結與展望
9.1 總結
9.2 展望
基本術語表
內容簡介
《RNA折疊結構預測算法與計算復雜性》介紹了RNA結構特征、假結表示模型和較小自由能量原理等內容。重點介紹了包含假結的RNA折疊結構預測啟發式算法、性RNA結構預測問題的準確算法、多項式時間近似方案、近似算法等問題。分析其時間復雜度和空間復雜度，比較其特異性和敏感性。針對NP難問題，設計了預測包含假結的1+ε(ε>0)多項式時間近似方案，分析了包含假結的RNA折疊結構，剖析連續堆疊和假結的結構特性，提出求解較大堆疊數的近似算法。針對RNA折疊結構盆跳圖的結構和性質進行解析，對幾種類型加以分析、分類，並對類型之間的轉換進行闡述。很後對RNA折疊結構的應用加以簡單的介紹。
