現代哲學之父笛卡兒，傳說他曾經是薔薇十字會的成員，身後留下一本大部分以密碼寫成的秘密手記。兩個半世紀後對這本手記的破譯令笛卡兒成為拓撲學的創立者；21世紀的天文發現證明，其中所隱藏的秘密，也許就是宇宙可能的架構。
這段真實之謎混合了數學、歷史與神秘學。本書以笛卡兒留下的一本秘密手記拉開序幕，追隨笛卡兒一生的哀愁行旅，見證了近代科學“理性”的復雜風貌，也是17世紀科學探索具體而微的真實重現。

笛卡兒(Rene Descartes，1596－1650)是西方哲學與數學的重要代表 人物之一。他的名言“我思故我在”是西方思想史上最傑出的演繹推論。 他出身貴族，曾自願參軍以便遊歷歐洲，行軍帳中的三個著名的夢境更被 稱為數學史上的傳奇。在他生命的最後年月裡，笛卡兒擔任瑞典女王的宮 廷哲學家，直至去世。笛卡兒的出身、轉機與奇遇，成就了他在數學與哲 學上的輝煌。通過他與親友互通的各種真實文獻，我們得以了解他的內心 世界以及秘密手記的線索。

前言
開篇 萊布尼茨在巴黎的探索
第一章 圖賴訥的花園
第二章 教會學校與首都巴黎的愉快生活
第三章 在荷蘭的謎題
第四章 在多瑙河畔“暖爐”中的三個夢
第五章 古雅典人的瘟疫之苦
第六章 福哈爾的會面與布拉格的戰役
第七章 薔薇十字會
第八章 海上歷險與巴黎瑪黑區的會面
第九章 笛卡兒與薔薇十字會
第十章 意大利的創作世界
第十一章 奧爾良的決鬥與拉羅謝爾的圍城戰役
第十二章 遷徙到荷蘭與伽利略的鬼魂
第十三章 秘密的戀情
第十四章 笛卡兒的哲學與《方法導論》
第十五章 熟諳古老的提洛謎題
第十六章 伊麗莎白公主
第十七章 烏得勒支的密謀
第十八章 女皇的召喚
第十九章 笛卡兒的謎樣死亡
第二十章 萊布尼茨探索笛卡兒的秘密
第二十一章 揭開笛卡兒密碼的神秘面紗
尾聲 二十一世紀的結局
附注

1613年，一位年輕的德國王子來到了倫敦，準備迎娶英格蘭國王詹姆 士一世(King James I)與丹麥公主安妮(Anne)的女兒——伊麗莎白·斯圖 亞特(Elizabeth Stuart)，她同時也是蘇格蘭瑪莉女王(Mary)的孫女。這 位年輕的德國王子為來自巴列丁奈特的腓特烈(Frederick)王子，他的領地 巴列丁奈特是位於南德、包括海德堡及部分萊茵河流域的地方。許多歐洲 人士都認為，這場皇家婚禮有英格蘭與歐洲新教勢力結盟的重大意義。然 而，事實上，詹姆士一世一直想在歐洲的宗教鬥爭中保持中立，並且為了 平衡女兒嫁入德國所造成的影響，他想用同樣的方式與天主教的西班牙拉 攏關繫。
婚後，腓特烈帶著新婚妻子，沿著萊茵河回到了海德堡，在那裡定居 下來，度過了平靜快樂的五年。然而世事難料，這時許多歐陸人士強烈認 為腓特烈為極有潛力的未來君主，有能力統御歐洲的新教徒，來對抗以奧 地利哈布斯堡王朝(Austrian Habsburg empire)為首的天主教勢力。
當時哈布斯堡王朝的首都位於布拉格。將首都從維也納遷移到布拉格 的皇帝魯道夫二世(Rudolf Ⅱ)，在歷**是位相當親民愛民的君主。他於 1612年逝世後，王朝內為下任王位的歸屬展開了一場角力。
布拉格在魯道夫二世的治理下成為一個繁榮的都市，不斷有新的想法 和學問在這裡萌芽成長。魯道夫二世對於魔術和秘技**有興趣，因此在 他的律令促使下，布拉格成為煉金術、占星學及各種魔法學的研究中心。
猶太人在這裡不會受到不平等的對待，可以盡情地傳授卡巴拉學說。另外 ，也有許多其他人在這裡學習各式魔術和秘技。魯道夫二世在他的宮廷裡 設了一個“驚奇實驗室”，在實驗室之中，試驗著各種不同機制的魔術， 包括會說話的無生命體、命理學的分析、占星學的預測及煉金術的秘技。
在16世紀的80年代，**的英國神秘主義學家暨數學家約翰·笛(John Dee ，1527－1608)來到了布拉格，並在此傳授他的魔法知識。笛的想法為當時 的神秘社群奠定了知識基礎。這個新社群也為歐洲的改革訂下了有力的政 治計劃，而社群的成員則將腓特烈王子視為完成此一計劃的*大希望。
身為虔誠天主教徒的笛卡兒，為了一嘗戰爭的滋味，在擁立新教的莫 裡斯親王麾下從軍，而這位莫裡斯親王恰巧就是腓特烈王子的舅舅。也因 此，笛卡兒對在波西米亞所發生的事了如指掌，了解到因為魯道夫二世的 過世，目前的波西米亞處於權力真空狀態。另外，笛卡兒還知道在1618年5 月23日，布拉格發生了一樁暗殺事件，反叛的波西米亞人將哈布斯堡任命 的長官從城堡丟出窗外。波西米亞分裂成兩大勢力，其中之一是以巴伐利 亞的馬克希米利安公爵(Maximiliail of Bavaria)為首的天主教派，他將 派軍協助奧地利神聖羅馬帝國，來對抗反叛的波西米亞新教勢力。馬克希 米利安公爵準許西班牙統治下的天主教低地國，借道他的領地，將八千名 士兵與兩千匹戰馬送往布拉格，協助哈布斯堡王朝掃除新教勢力。笛卡兒 對於這些進展十分關注，**渴望戰役的發生。
既然莫裡斯親王已經簽下了停戰協議，無法親身參與這場戰役，笛卡 兒決定脫離莫裡斯的軍隊，獨自前往德國去加入別的軍隊。他**渴望冒 險，以及參與真正的戰爭。不過，對於貝克曼，笛卡兒並不想不告而別， 一聲不響就離開布雷達。1619年4月20日，笛卡兒寫了封信給貝克曼：“我 希望你至少可以捎個口信給送信的人，他是我的僕役，可以代為傳話。我 想知道你現在生活如何？都在做些什麼？還有，你還想要結婚嗎？”貝克 曼在**之內就給了回復。他仍在研讀數學，研究著他與笛卡兒上次見面 所討論的那些想法，至於娶老婆的事，當然是還沒有著落。對他們兩人來 說，這麼久沒見面實屬罕見，從1618年的11月到1619年的1月，他們幾乎是 天天見面。不過因為笛卡兒目前還身處軍旅，而貝克曼則已經回到了密德 堡，故也隻能以書信聯絡了。
笛卡兒於1619年4月23日再次寫信給貝克曼，信中提到想要見他一面。
他告訴貝克曼他的靈魂早就開始雲遊各地了。借用羅馬詩人維吉爾在史詩 《埃涅阿斯紀》中的句子，笛卡兒寫道：“我不知道命運會將我帶往哪裡 ，也不知道哪裡是我安身之處。圳他繼續道： 既然這裡與德國間的戰爭已不再是那麼確定的事，我想若是停在這裡 等待，我是無法親眼目睹戰爭實況的，隻會見到一群沒有戰場的戰士罷了 。我想要到處看看，遊歷丹麥、波蘭及匈牙利等地，直到我在德國找到一 條並不險惡但可以通行的戰爭之路。如果我在這路上停下了腳步，我由衷 希望、也向你保證，我會好好整理我在《力學》及《幾何學》上的研究， 並會在著作中將你尊為協助指導者。
1619年4月24日，與貝克曼道別後，笛卡兒往北遊歷。他在4月29日離 開阿姆斯特丹，前往哥本哈根，在那裡停留了一段時日，並在丹麥到處遊 歷。他從丹麥來到了波蘭的但澤(Danzig)，暫留幾個星期後，他*深入波 蘭南部，接著進入了匈牙利境內。1619年7月20日，他轉往西邊來到法蘭克 福，見證了神聖羅馬帝國新皇的選舉。波西米亞國王斐迪南二世於8月28日 獲選為新皇帝，並於兩天後加冕。笛卡兒目睹了加冕儀式”，他看到新皇 被授予像征全世界的圓球以及查理曼大帝的令牌，並佩上查理曼大帝的御 劍，之後新皇將劍高舉讓大家能欣賞其風采。
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