孫秀昌著的《問道於孔子》由作者近年來撰寫的有關孔子研究的文章輯錄而成，共分三部分：輯一為審問篇，輯二為慎思篇，輯三為明辨篇。在“審問”這個篇名下，輯錄了“讀經問道”與“品悟經典”兩個專欄中的全部文字，發表時分為上、下兩部分的那些文稿，在這裡均合並成了一篇；“慎思”乃意指謹慎地思考，這裡賦予了闡發微言大義的意味，希望這些含蘊著作者“前理解”的闡發能夠在大端處契接孔子學說的本然宗趣。在“慎思”這個篇名下，輯錄了《“生命在場”與“臨界處境”——由孔子哭顏淵兼談良知哲人的生死觀》、《孔子“義利之辨”發微》、《大?仁?道?命——孔子時代“道”對“命”的穿透與“崇高”意識的誕生》、《兩周時代“命”意識的特點及其對中國“悲”意識的影響》四篇文稿；“明辨”乃意指明確地分辨，這裡賦予了辨別匡正的意味，同時也帶有替孔子一辯的意味。在“明辨”這個篇名下，輯錄了作者發表在《博覽群書》上的五篇文稿。

自序
輯一 審問篇
回味“軸心時代”
孔子：中國歷**的**位老師
聖人有情
師生的範本
學而不厭
為己之學
博文約禮
誨人不倦
有教無類
範本教育
人能弘道
仁者愛人
仁者人也
為仁由己
義以為質
繪事後素
知者不惑
無信不立
直道而行
聞義而徙
輯二 慎思篇
“生命在場”與“臨界處境”
一一由孔子哭顏淵兼談良知哲人的生死觀
孔子“義利之辨”發微
大·仁·道·命
一一孔子時代“道”對“命”的穿透與“崇高”意識的誕生
兩周時代“命”意識的特點及其對中國“悲”意識的影響
輯三 明辨篇
去聖焉得真孔子?
一一兼與李零先生商榷(一)
趣聖乃得真孔子
一一兼與李零先生商榷(二)
“喪家狗”抑或“芝蘭”?
一一兼與李零先生商榷(三)
“純知”與“良知”
一一兼與李零先生商榷(四)
孔子被“抬”進奧運會斷想
附錄
西方“後形而上學”之反思
一一兼談“解構”與“建構”雙向律動的人文變奏
在歷史之畏中透視經典
一一對人類文化史中一種“去經典化”與“偽經典化”現像的反省
生命的諦聽
一一讀黃克劍先生新著《(論語)解讀》
叩問中國的“軸心時代”
一一讀黃克劍先生《由“命”而“道”一一先秦諸子十講》
“軸心時代”及其啟示
一一一種對雅斯貝斯“軸心時代”觀念的讀解
後記