在地方機構設置上，洪武初年朝在各省設行中書省的做法。由於行中書省統管一省軍政、民政、財政，職過重，容易形成不聽朝廷號令的割據勢力，所璋於洪武九年(1376)，下令廢除行中書省，以承宣布政使司掌一省之民政和財政，以提刑按察使司掌一省之刑名按劾之事，以都指揮使司掌一省之軍政。三司互不統屬'，有效地防止了因地方力過重形成割據勢力的可能性。
在軍隊編制和建設方璋采納劉基的建議，創立了衛所制。即每衛由五個千戶所組成，共約5600人。各衛的長官為衛指揮使，其上司為都指揮使。以都指揮使為長官的各都指揮使司則分別隸屬於朝廷的前、中、後、左、右五軍都督府。五軍都督府雖為軍籍和軍政的管理機構，卻無調兵之。遇有戰事，由兵部頒發調兵令，軍事統帥則由皇帝任命。這樣，雖有兵將之間缺乏了解，不利於戰役指揮等弊端，但卻使皇帝牢牢地控制住了軍，有效地防止了將帥擁兵叛變情況的發......