第1章 序列分析
1.1 計算和可視化序列統計特性
1.1.1 人類線粒體基因組
1.1.2 計算序列統計特性
1.1.3 考察開放閱讀框（ORF）
1.1.4 考察注釋特征
1.1.5 提取和分析ND2和COX1蛋白
1.1.6 計算人類線粒體基因組中所有基因的密碼子使用頻率
1.2 兩兩序列比對
1.2.1 序列比對介紹
1.2.2 查找序列信息
1.2.3 確定蛋白質編碼序列
1.2.4 比較氨基酸序列
1.2.5 序列比對結果分析
1.3 評估比對的統計學顯著性
1.3.1 從MATLAB空間中獲取NCBI數據
1.3.2 初步比對和全局比對
1.3.3 評估打分的顯著性
1.3.4 打分不具有統計學顯著性的例子
1.3.5 局部比對和隨機序列
1.4 全基因組比對
1.4.1 提取基因組信息
1.4.2 基因比對
1.4.3 考察分數的含義
1.4.4 利用稀疏矩陣減少存儲量
1.4.5 查看同源基因
1.5 分析同義和非同義替換
1.5.1 介紹
1.5.2 提取HIV-1基因組的兩個序列信息
1.5.3 計算HIV-1基因的Ka/Ks比值
1.5.4 利用滑動窗口計算Ka/Ks比值
1.5.5 GAG、POL和ENV基因的滑動窗口分析
1.5.6 分析GP120的Ka/Ks比值和表位
1.6 追蹤禽流感病毒
1.6.1 禽流感病毒介紹
1.6.2 計算每個H5N1基因的Ka/Ks比值
1.6.3 針對HA蛋白質進行繫統發育分析
1.6.4 利用多維變尺度可視化序列距離
1.6.5 在非洲和亞洲地圖上展示H5N1病毒的地理區域
1.6.6 利用谷歌地圖觀察地理區域
1.6.7 在谷歌地圖中查看文件
參考文獻
第2章 高通量測序
2.1 分析Illumina/Solexa下一代測序數據
2.1.1 簡介
2.1.2 讀取_sequence.txt（FASTQ）文件
2.1.3 考察序列讀數的長度分布
2.1.4 考察序列片段的堿基組成
2.1.5 考察質量打分分布
2.1.6 在標準之間轉換質量打分