《音樂學叢論》輯錄的文章，撰寫於1986年至2011年的25年間，其中大部分已經發表，隻有2010年至今所寫的幾篇尚未刊布。凡已發表的文章，均在篇末注明出處。20世紀80年代，作者方建軍對流行音樂一度頗感興趣，有關音樂學專業建設、音樂評論以及書評、書序和訪談等，也大多不能超出方建軍的業務範圍。但是，這本文集的內容畢竟是十分蕪雜的，現在勉強將其分類，編為五個部分，實際它們之間互有交錯，難以截然分開。

序
一、古代音樂史
子犯編鐘音列組合新說
楚簡“樂之百之贛之”試解
秦簡《律書》生律法再探
古代儀式中的“音聲”
銅鈸說略
《律呂精義·樂器圖樣》讀札
中國音樂考古學學科建設的有關問題
從因特網資訊看西方學者的音樂考古學研究
有關雅樂重建的幾個問題
小議中國音樂史論文的英文目錄
二、民族音樂學
民族音樂學與族性、政治和社會變遷
民族音樂學與音樂考古學的相互關繫及作用
傳統音樂“邊緣化”所引發的思考
商業化運作中的香港粵曲歌壇——油麻地廟街“金鳳凰曲藝歌座”考察報告
蓬瀛仙館的早課儀式與用樂
西安鼓樂《雨霖鈴》記譜分析
雲南采風紀行
三、音樂評論
論魯日融的二胡曲創作
論周延甲編創的陝西風格箏曲
論饒餘燕創作的兩首古箏音樂作品
嚴肅音樂重在創作
讓世界了解中國音樂
中國音樂走過百年
全國青年歌手電視大獎賽印像
通俗歌曲的發展與癥結
“中國西部搖滾樂”之興起
流行歌曲雜感四則
臧天朔流行歌曲印像
指下蓄汗水琴中見真功——呼延梅文胡琴獨奏音樂會觀後
四、音樂學專業建設
音樂學專業本科教育若干問題之檢視
談談音樂學專業學生的讀書與學習
音樂學繫學生的讀書研討會
音樂院校大學生音樂論文寫作若干問題探討
音樂學研究與學術規範
五、書評、書序、訪談
關於編撰《中國音樂文物大繫·陝西卷》的初步構想
先秦鐘類樂器研究的新創獲——介紹羅泰著《中國青銅時代的禮儀音樂——一種考古學的觀察
讀《先秦音樂史》
中國音樂史教材撰述的新思路與新成果——《中國音樂的歷史與審美》評介
《新格羅夫音樂與音樂家辭典》*新版在線瀏覽
當代音樂美學學科建設的新成就——《二十世紀中國音樂美學(文獻卷)》評介
婚禮歌曲研究的新視野——簡·舒格曼著《性別化的歌曲：普萊斯帕地區阿爾巴尼亞人婚禮中的歌唱與主體性》評介
希望《交響》越辦越好
《藝語輕輕》序
《音樂圖像學與雲南民族音樂圖像研究》序
音樂學主題網站訪談
音樂考古學的歷史與研究方法——音樂學者訪談之一