《國家抗微生物治療指南（第二版）》分四部分，第一部分為各種微生物感染目標治療；第二部分為各種感染性疾病經驗治療；第三部分為兒童感染性疾病治療相關內容；第四部分為抗微生物藥物藥學與藥理學和安全性內容。

第1章 感染性疾病的病原治療 
1-1細菌感染目標治療 
1-2真菌感染目標治療 
1-3分枝杆菌感染目標治療 
1-4病毒感染目標治療 
1-5寄生蟲感染治療 
1-6其他病原體感染目標治療 
1-7傳染病與繫統性感染k菌藥物治療 
1-8性傳播疾病k菌藥物治療 

第2章 感染性疾病經驗治療 
2-1眼、耳鼻喉、口腔感染k菌藥物經驗治療 
2-2中樞神經繫統感染k菌藥物經驗治療 

2-3呼吸繫統感染k菌藥物經驗治療 

2-4心髒與血流感染k菌藥物經驗治療 

2-5腹腔與消化道感染k菌藥物經驗治療 

2-6婦產科感染k菌藥物經驗治療 

2-7泌尿繫統與男性生殖繫統感染k菌藥物經驗治療 

2-8骨關節感染k菌藥物經驗治療 

2-9皮膚軟組織感染k菌藥物經驗治療 

2-10免疫缺陷者感染k菌藥物經驗治療 

2-11外科圍手術期k菌藥物預防用藥 

2-12抗感染藥在預防非手術相關感染時的應用 

第3章 兒童常見感染性疾病的預防和治療 
3-1兒童k菌藥物臨床應用注意事項 

3-2兒童k菌藥物的超說明書使用 

3-3兒科常見感染的抗微生物治療 
3-4兒科常用k菌藥物、抗病毒藥物的劑量和用法 

3-5中國疫苗接種的主要種類 

第4章 抗感染藥物的藥學特征 
4-1抗感染藥物藥動學特點和常用劑量 
4-2常用k菌藥物的k菌譜比較 

4-3腎功能不良患者k菌藥物的劑量調整 

4-4肝功能損害患者k菌藥物的應用 

4-5抗感染藥物妊娠期安全分類 
4-6抗感染藥物與其他藥物的相互作用 
4-7抗感染藥物主要不良反應 
附件 英語縮寫注解

《國家抗微生物治療指南》第1版自2012年底出版以來已經四年餘，臨床對其反映良好，達到預期編寫目的，已經成為我國臨床醫生進行感染性疾病治療的重要依據，也是衛生行政部門開展k菌藥物合理使用管理的重要參考。 

為了使《國家抗微生物治療指南》能及時發揮對臨床的指導作用，第1版出版後，國家衛生計生委合理用藥專家委員會及時組織開展了培訓和推廣工作，對本指南的編寫目的、內容與使用方法等進行了全面介紹，全國各地有數千名臨床醫師、藥師、微生物檢驗人員等參加了培訓；同時部分省、直轄市、自治區管理部門及相關學協會也以本指南為藍本，開展了專項教育。迄今為止，《國家抗微生物治療指南》已經成為我國臨床醫務人員重要的案頭手冊。為了獲得醫務人員對本指南使用的反饋意見，編者還注冊了“國家抗微生物治療指南”微博，及時收集各方面意見，為指南修訂奠定基礎。 
在過去的幾年中，有關k菌藥物合理使用和抗微生物藥物耐藥控制議題已經成為全球共識，世界衛生組織在2015年發布了“全球耐藥控制行動計劃”，對包括抗微生物藥物合理使用的內容進行了繫統闡述，並要求各成員國結合自身情況制定各自的國家行動計劃；鋻於細菌耐藥作為z為突出的微生物耐藥情況．我國白2011年開展的臨床k菌藥物合理使用專項整治工作也不斷深入，醫療機構對k菌藥物合理使用與細菌耐藥控制日益重視，醫療機構k菌藥物使用逐步規範，細菌耐藥狀況也有所改善，在此背景下，有必要對《國家抗微生物治療指南》進行修訂。 

本指南的修訂工作始於2016年初，為保證指南內容的一貫性和連續性，編者保留了第1版的原班人馬，修訂主要依據近年來臨床抗感染的z新研究成果、耐藥變化趨勢、新型抗微生物藥物的上市使用情況、國內外相關專科專病指南的更新情況進行；編寫仍然按照四大部分進行，第一部分為各種微生物感染目標治療（包括傳染病和各種特殊病原體感染治療），第二部分為各種感染性疾病經驗治療（包括預防用藥），第三部分為兒童感染性疾病治療相關內容，第四部分為抗微生物藥物藥學與藥理學和安全性內容。 
編輯委員會專家在編寫過程中，深感責任重大和壓力，出於高度責任心與敬業精神，兢兢業業，甘於奉獻，認真查閱參考近年來國外各種指南與研究文獻，不放過任何一個問題，不忽略任何微小的疑點，經歷編者修訂．主編審稿．稿件修改．集中審稿．主編定稿過程，力求完美。 
抗微生物藥物合理使用和感染治療是十分復雜的工作，需要整合多方面數據纔能做出判斷，編寫一本指南更是如此；同時，我國幅員遼闊、醫療機構眾多、各地區疾病構成不同、藥物供應與使用習慣存在差異，感染病原也各有特點，編寫能滿足全國各地區和各級別醫務人員需求的抗微生物治療指南具有相當難度；雖然編寫專家秉承科學嚴謹的學風，對稿件反復推敲、相互討論，力臻完美，但是限於編寫本身的難度和能力，本指南勢必存在不足或瑕疵，我們殷切希望讀者與廣大醫務人員給予批評指正，為指南的不斷更新與完善提出寶貴意見。 
本指南的修訂在國家衛生計生委醫政醫管局的領導下，由國家衛生計生委合理用藥專家委員會組織實施，各位專家和工作人員為此付出了極大心血與辛勞，在此一並致謝。