★第一冊：心靈之書★
沿著臺階往下走，在前往書窖的途中，芙莉亞就已經嗅到了故事的氣味，那是全世界蕞棒的味道。
新書飄出油墨、裝訂膠水和渴盼的氣味；舊書散發出自身及其故事裡所蘊含的奇險歷程的氣味；至於好書，不隻吐露出蘊含這一切的香氛，還夾帶著一縷魔法的幽香。
盡管她自己已經極度不耐煩，卻還是改變不了必須是心靈書找到她而非她找到心靈書的這個定理。外面的廣大世界如此寬闊、熙攘、熱鬧、騷動，但費爾菲克斯家族卻在科茨沃爾德離群索居，活在書本的寂靜中，躲避亞當學院的密探。
和人類一樣，書籍也有隱而未顯的一面，但隻有極少數有天賦的讀者纔能發現它的魔力。這樣的讀者被稱為書巫。芙莉亞·薩拉曼德拉·費爾菲克斯，一位十五歲的少女，正在焦急地等待著她的心靈書到來，從而正式成為一名書巫，施展出語言和文字的魔力。
然而，危機驟然殺到，“文殤”的陰謀即將啟動、父親在夜狩空白書時被誤殺、弟弟被女殺手抓走、家族莊園也被敵人占據，她唯yi的機會是逃往書城。在那裡，芙莉亞遇見了愛喫巧克力的城主、長角的羊人、亞當學院的密探、偷書的少女與反抗軍的少年，見識了鬥書場與各種古怪的書店，更重要的是，她遇見了自己的心靈書——一部紅色封面的鳥喙書。
她懵懵懂懂地被卷入了書巫世界的統治集團亞當學院與反抗軍之間的鬥爭，經歷了戰鬥與傷痛，也體會到了友誼與考驗，甚至為了挽救朋友的生命而在無意中改變了“過去”，她越發熟練地掌握了書巫的力量，書巫世界也逐漸向她袒露出它的秘密……
★第二冊：永夜之國★
蘇梅貝拉走到菲尼安父母被槍殺的那堵牆前，指尖撫過牆上的磚。無比漫長的一分鐘之後，她纔又朝菲尼安轉過身來。“你知道他們對大家做過的蕞殘忍的事情是什麼嗎？他們讓我們所有人都擁有同樣的故事，你、我、芙莉亞，還有許許多多的人，他們強行給我們套上同一個模子，奪走那些我們愛的人，讓我們做出一些此前絕對不會去做的事。就連那些抵抗他們的人，也被他們強行安排了角色。”
芙莉亞的身上開始散發出書香：她正在順利地成長為頂ji的書巫。與此同時，反抗軍卻面臨著內憂外患：一方面，是亞當學院無所不用其極的高壓手段；另一方面，是反抗軍內部的分裂與動搖。
芙莉亞早已知道，書巫世界是自己兒時的筆友塞弗林、她兩百年前的先祖、盜匪小說作家“七芒星”創造出來的。但她沒想到的是，就連七芒星，也隻是一本更高的書中的角色——“是我通過寫造物書創造了菲德拉和書巫世界，如果說我自己也隻是一本書裡的人物，是某個人想像出來的，這也沒什麼奇怪的，不是嗎？也許整個宇宙都不過是一座圖書館中的圖書館，每本書都是另外一本書的一部分，每個人都來自某個作者的想像，而這個作者自己又是另外一個作者想像出來的。”
作為更高意志的造物、被強行安排的角色，並已洞察了自身的處境，芙莉亞和她的朋友們，將如何在這個虛構的世界裡並肩作戰，謀求生存？
★第三冊：家族之書★
“這就是你那句話的意思嗎？”芙莉亞問，從船舷邊退開好幾步。“你說我有一天會想自己寫完蕞後一本空白書，你說這話的時候，是不是覺得能夠說服我用你的眼睛去看世界？認為它活該被毀滅？”
“並不是盲目地摧毀，”七芒星說，“而是更新，是改變，是要創造一個更好的世界。以前我在寫小說的時候，曾經刪掉整個章節重寫，為的是讓故事變得更好，你也可以這樣做，芙莉亞，隻不過這是你自己的故事，是所有書巫的故事。隻要改寫造物書裡的內容，你就能改變過去，同時也改變現在和未來。芙莉亞，你有這個力量，能改正我所有的錯誤和愚蠢，讓這個世界變得更好。誰會拒絕這樣的機會呢？”
“我，”芙莉亞說，“我連想都不願意想。”
如今，壓迫與反抗都顯得徒勞而滑稽，書巫世界正面臨著前所未*的危機：一種被稱作“想法”的東西正在不斷蔓延，吞噬了一個又一個的庇護所，整個書巫世界即將被蠶食殆盡。
芙莉亞被“想法”吞下，卻沒有徹底消失，反而被拋送到了永夜庇護所——三十多年前的血色戰場、如今的淪喪之地，同時也是七芒星的流放之所。在那裡，她遇到了衣衫襤褸的七芒星、“書巫之母”菲德拉，以及強大的書妖門塔納，每個人都要求芙莉亞按照他們的想法改寫“造物書”，好讓現實變成符合各自心意的樣子。畢竟，按照造物書中的記錄，隻有七芒星與芙莉亞有權改寫它，而七芒星又早已失去了書巫力。
然而，上一次改寫歷史的教訓讓芙莉亞選擇了斷然拒絕。因為錯誤會像疾病一樣，毫無先兆地出現在之前健康的地方，而沒有人可以預見並阻止每一個錯誤的發生，誰都沒有資格去改寫歷史與他人的命運。芙莉亞決心用自己的方式去拯救書巫界……
