●第一章 Linux繫統安裝
第二章 Linux基本命令
第三章 高通量測序數據的常見格式
第四章 基因組組裝
第一節 基因組大小估測
第二節 基於PacBio HiFi模式測序數據的基因組組裝
第三節 基於PacBio CLR模式測序數據的基因組組裝
第四節 基於Nanopore測序數據的基因組組裝
第五節 去除基因組中的冗餘序列
第六節 Hi-C組裝
第五章 重復序列查找
第六章 基因預測
第七章 基因家族擴張和收縮
第八章 物種歷史動態
第九章 群體重測序個體的SNP查找
第十章 遺傳多樣性參數計算
第十一章 受選擇作用的SNP位點
第一節 PCAdapt分析
第二節 BayPass分析
第三節 合並PCAdapt和BayPass結果
第十二章 遺傳結構分析
第一節 PCA分析
第二節 Admixture分析
高通量測序已成為生物學研究的重要手段,在生物多樣性、物種種質資源開發利用和生物醫藥領域都發揮了非常重要的作用,因此,如何處理和分析高通量測序數據成為生物學研究的推薦技能之一。本書以高通量測序數據在基因組分析中的運用為例,采用分步講解的方式,圖文並茂地介紹了高通量測序數據的基本格式,利用高通量測序數據開展分析的流程、相關程序,程序執行過程及其分析注意事項。同時,對於數據分析運算中的一些中間結果,作者提供了自己編寫的程序,以利於獲得最終結果。書中提供了Linux操作繫統安裝方法,並基於Linux語言命令介紹了高通量測序數據處理過程,其中沒有復雜的程序代碼,不需要編程語言基礎,淺顯易懂,具有很強的實踐操作性。本書可供基因組學、生物信息學、遺傳學、生態學及相關領域的高校師生和科研人員閱讀參考。