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店鋪:合肥新華書店圖書專營店 出版社:電子工業出版社 ISBN:9787121302244 商品編碼:10022357612880 開本:16開
" 商品參數 實用生物信息學 | | 定價 | 69.00 | 出版社 | 電子工業出版社 | 版次 | 第1版 | 出版時間 | 2018年01月 | 開本 | 16 | 作者 | 馮世鵬等 | 裝幀 | 平塑 | 頁數 | 0 | 字數 | 0 | ISBN編碼 | 9787121302244 | 目錄 目 錄 第0章 緒論 1 0.1 生物信息學的發展歷史 1 0.1.1 Bioinfomatics的來源 1 0.1.2 生物信息學的定義 1 0.1.3 人類基因組計劃 1 0.1.4 生物信息學發展重要人物及 大事 2 0.2 生物信息學的研究內容 4 0.2.1 生物分子數據的收集與管理 4 0.2.2 數據庫搜索及序列比較 5 0.2.3 基因組序列分析 5 0.2.4 基因表達數據的分析與處理 5 0.2.5 蛋白質結構預測 6 0.2.6 非編碼RNA研究 6 0.2.7 表觀遺傳學研究 7 0.3 生物信息學的生物學基礎知識 7 0.3.1 遺傳定律 7 0.3.2 DNA分子結構 8 0.3.3 基因結構 8 0.3.4 中心法則 9 0.3.5 密碼子表 9 0.3.6 蛋白質結構與功能 9 0.3.7 PCR技術 9 參考文獻 10 Windows篇 第1章 文獻信息檢索 12 1.1 文獻資源的分類 12 1.1.1 根據出版形式進行分類 12 1.1.2 綜合分類法 13 1.1.3 標識碼及編號 14 1.2 文獻的格式 15 1.3 文獻檢索 17 1.3.1 文獻檢索詞的來源 17 1.3.2 搜索數據庫選擇 18 1.3.3 檢索式構建 19 1.3.4 檢索結果的處理 21 1.3.5 CNKI數據庫查詢舉例 21 1.3.6 Elsevier數據庫檢索舉例 25 1.4 文獻信息的價值判斷及閱讀 27 1.4.1 文獻的價值判斷 27 1.4.2 文獻有效閱讀 29 1.5 科技查新 29 習題 31 參考文獻 31 第2章 生物信息數據資源 32 2.1 核酸序列數據庫 32 2.1.1 GenBank數據庫及其分類 33 2.1.2 Entrz Nucleotide數據庫及 其分類 34 2.1.3 NCBI其他數據庫 34 2.1.4 GenBank數據格式 35 2.1.5 GenBank數據訪問方式 35 2.1.6 基因數據庫記錄格式及搜索 38 2.2 蛋白質序列數據庫 39 2.2.1 UniProt數據庫介紹 39 2.2.2 Uniprot數據獲得方式 41 2.2.3 UniProt數據庫記錄格式 42 2.3 蛋白質結構數據庫 43 2.3.1 PDB數據庫發展歷史 43 2.3.2 RCSB PDB數據庫介紹 44 2.3.3 RCSB PDB數據庫搜索 45 2.3.4 RCSB PDB數據記錄 46 2.4 物種基因組數據庫 47 2.4.1 小鼠基因組數據庫 47 2.4.2 擬南芥基因組數據庫 49 2.5 代謝通路數據庫 52 2.5.1 在KEGG數據庫搜索 53 2.5.2 主頁快速鏈接 54 2.5.3 KEGG通路素意義 55 2.6 基因組瀏覽器 57 2.6.1 基因組數據展示內容 58 2.6.2 BLAT搜索 61 2.7 非編碼RNA數據庫 62 2.7.1 miRNA數據庫 62 2.7.2 NONCODE數據庫 63 習題 66 參考文獻 66 第3章 序列比對 68 3.1 比對程序介紹 68 3.2 比對序列相似性的統計特性 69 3.3 在線BLAST序列比對 72 3.4 本地運行BLAST 75 3.4.1 BLAST程序的和安裝 75 3.4.2 搜索數據庫的索引格式化 75 3.4.3 運行BLAST程序,搜索本地 序列數據庫 76 3.5 多序列比對 77 3.5.1 ClustalX的使用 77 習題 80 參考文獻 80 第4章 核酸序列分析 81 4.1 基因閱讀框的識別 81 4.2 基因其他結構區預測 82 4.2.1 CpG島的預測 82 4.2.2 轉錄終止信號預測 84 4.2.3 啟動子區域的預測 84 4.2.4 密碼子偏好性計算 86 4.3 引物設計 88 4.3.1 引物設計的基本原則 88 4.3.2 Primer 5引物設計 88 4.3.3 利用Primer 5進行酶切位點 分析 91 4.4 核酸序列的其他轉換 92 習題 93 參考文獻 93 第5章 蛋白質序列分析 94 5.1 蛋白質理化性質和一級結構 分析 94 5.1.1 蛋白質理化性質分析 94 5.1.2 蛋白質理化性質分布圖 95 5.1.3 蛋白質信號肽預測 97 5.2 蛋白質二級結構分析 99 5.2.1 蛋白質跨膜結構區分析 99 5.2.2 蛋白質卷曲螺旋分析 101 5.2.3 蛋白質二級結構預測分析 103 5.3 蛋白質三維結構預測分析 104 習題 105 參考文獻 105 第6章 基因表達分析 106 6.1 qPCR數據分析 106 6.1.1 定量分析方法 107 6.1.2 相對定量方法分析 108 6.2 基因芯片數據分析 111 6.2.1 從GEO上基因芯片表達 譜數據 111 6.2.2 將表達譜數據導入MATLAB 軟件 112 6.2.3 對soft格式文件的標準化 113 6.2.4 差異表達基因篩選 114 習題 114 參考文獻 115 第7章 進化分析 116 7.1 進化理論介紹 116 7.1.1 種群是生物進化的基本單位 116 7.1.2 可遺傳的變異是生物進化的 原始材料 116 7.1.3 分子進化中性學說 117 7.2 進化分析(以MEGA為例) 117 7.2.1 序列準備 118 7.2.2 序列比對 119 7.2.3 建樹計算 119 7.2.4 進化樹的調整 121 習題 121 參考文獻 122 第8章 非編碼miRNA分析 123 8.1 miRNA簡介 123 8.1.1 miRNA的生物 123 8.1.2 miRNA調控基因表達的機理 124 8.1.3 miRNA的生理調節作用 125 8.2 miRNA靶基因預測 125 8.2.1 miRNA靶基因的預測原理 125 8.2.2 miRNA靶基因的預測軟件 126 8.2.3 miRNA靶基因的預測步驟 127 8.3 調控靶基因的miRNA預測 130 8.4 miRBase數據庫的使用 131 8.4.1 miRBase數據庫的搜索 131 8.4.2 miRBase數據庫批量 132 8.4.3 miRNA記錄信息 133 習題 134 參考文獻 134 Linux篇 第9章 Linux 138 9.1 Linux簡介 138 9.1.1 什麼是Linux 138 9.1.2 為什麼要學習Linux 139 9.1.3 如何學習Linux 140 9.2 Linux安裝 140 9.2.1 Linux 140 9.2.2 安裝盤制作 142 9.2.3 CentOS 6.5操作安裝 144 9.2.4 更新yum源 154 9.3 Linux命令行模式——終端 155 9.4 Linux開關機 156 9.5 Linux文件 157 9.5.1 Linux文件夾及其主要作用 (以CentOS 6.5為例) 157 9.5.2 Linux的文件信息的意義 158 9.5.3 Linux命令幫助文件 159 9.6 幾個重要的快捷鍵 161 9.7 Linux的命令 161 9.7.1 Linux命令的輸入格式 161 9.7.2 常用命令及其常用選項介紹 161 9.7.3 數據流重定向 167 9.7.4 管道命令 168 9.7.5 vim編輯器工具 168 9.7.6 其他命令 170 習題 177 參考文獻 177 第10章 Perl語言 178 10.1 Perl版本 178 10.2 Perl標量數據 179 10.2.1 Perl運算符 180 10.2.2 標量變量 180 10.2.3 數字及字符串的比較 運算符 181 10.3 列表與數組 182 10.3.1 數組及其賦值操作 182 10.3.2  素的引用 182 10.3.3 數組相關的幾個命令 183 10.4 哈希 183 10.4.1 哈希賦值 184 10.4.2 哈希的相關函數 184 10.5 判斷式及循環控制結構 185 10.5.1 if條件判斷式 185 10.5.2 while循環結構 185 10.5.3 until循環結構 186 10.5.4 foreach循環結構 186 10.5.5 each控制結構 186 10.6 正則表達式 187 10.6.1 正則表達式相關符號 187 10.6.2 捕獲變量 188 10.6.3 正則表達式中特殊字符 的意義 188 10.7 Perl的排序 189 10.7.1 sort命令 189 10.7.2 sort與比較運算符及默認 函數的連用 189 10.8 Perl默認的函數的總結 189 10.9 程序精解 190 10.9.1 實例一:從fasta文件中 尋找特定的序列 190 10.9.2 實例二:文本內容分類 統計功能 193 10.9.3 實例三:統計文件內容 是否有重復 195 10.9.4 實例四:Scaffolds序列 的排序 196 習題 196 參考文獻 197 第11章 測序方法及數據處理 198 11.1 測序技術的發展 198 11.1.1 代測序方法 198 11.1.2 二代測序方法 201 11.1.3 測序文庫插入片段大小 選擇 205 11.1.4 測序類型 205 11.1.5 測序方法的搭配 206 11.1.6 測序質量值 206 11.2 測序數據處理 207 11.3 測序數據質量分析 208 11.3.1 用FastQC軟件對測序數據 進行評估 208 11.3.2 NGSQCToolKit對測序 Reads的處理 213 11.3.3 FASTX_Toolkit對測序 Reads的處理 216 11.4 深度測序數據上傳SRA 數據庫 218 11.4.1 材料準備 220 11.4.2 注冊項目信息 221 11.4.3 提供技術信息 224 11.4.4 上傳數據 227 11.4.5 數據傳輸完畢狀態 230 習題 231 參考文獻 231 第12章 基因組組裝 232 12.1 Velvet拼裝軟件 233 12.1.1 Velvet軟件安裝 234 12.1.2 Velvet參數介紹 234 12.1.3 Velvet命令運行 237 12.1.4 Velvet運行結果解讀 237 12.2 SOAPdenovo軟件拼裝 238 12.2.1 軟件的安裝 239 12.2.2 參數介紹 239 12.2.3 SOAPdenovo命令運行 241 12.2.4 SOAPdenovo運行結果 解讀 242 12.3 ABySS軟件拼裝 242 12.3.1 ABySS的安裝 242 12.3.2 ABySS主要參數介紹 243 12.3.3 ABySS命令運行 245 12.3.4 ABySS運行命令結果解讀 245 12.4 ALLPATH-LG軟件拼裝 245 12.4.1 ALLPATH-LG的安裝 246 12.4.2 ALLPATH-LG的主要參數 246 12.4.3 ALLPATH-LG測試數據 運行過程解讀 249 12.4.4 運行結果解讀 252 12.5 Gaps修補 252 12.5.1 GapFiller軟件安裝 252 12.5.2 相關參數介紹 253 12.5.3 程序運行命令 254 12.5.4 運行結果解讀 254 12.6 基因組組裝效果評估 254 習題 254 參考文獻 255 第13章 小RNA測序數據分析 256 13.1 小RNA測序簡介 256 13.2 小RNA測序數據質控 257 13.3 miRNA的識別 259 習題 263 參考文獻 263 第14章 RNA-seq數據分析 264 14.1 轉錄組序列比對 265 14.1.1 數據準備 265 14.1.2 比對數據庫 265 14.1.3 TopHat軟件及安裝 266 14.1.4 Bowtie軟件和SAMtools 軟件及安裝 266 14.1.5 常用TopHat參數介紹 266 14.1.6 基因組數據庫序列索引 267 14.1.7 TopHat使用實例 267 14.1.8 輸出文件說明 267 14.2 轉錄本組的組裝 268 14.2.1 cufflinks的安裝 268 14.2.2 cufflinks的參數 269 14.2.3 cufflinks的輸出結果 269 14.3 合並轉錄組 269 14.3.1 用cuffmerge合並轉錄本 的命令 270 14.4 基因表達差異分析 270 14.4.1 用cuffquant計算表達譜 270 14.4.2 用cuffdiff計算不同樣本 表達譜的差異 271 14.5 差異表達結果的熱圖表示 272 習題 273 參考文獻 273 第15章 基因預測 275 15.1 GeneMark軟件序列 275 15.1.1 GeneMarkS的安裝 275 15.1.2 相關參數介紹 276 15.1.3 GeneMarkS命令運行 279 15.1.4 GeneMarkS運行結果解釋 280 15.2 Glimmer軟件 280 15.2.1 Glimmer軟件安裝 280 15.2.2 相關命令參數介紹 281 15.2.3 程序運行 284 15.2.4 結果解讀 286 15.3 AUGUSTUS 286 15.3.1 AUGUSTUS軟件安裝 286 15.3.2 相關參數介紹 286 15.3.3 訓練AUGUSTUS 287 15.4 PASA 291 15.4.1 PASA軟件安裝 291 15.4.2 相關命令參數介紹 293 15.4.3 命令運行 294 15.4.4 運行結果解讀 296 15.5 EVM(EVidenceModeler) 296 15.5.1 EVM軟件安裝 296 15.5.2 相關參數介紹 297 15.5.3 EVM軟件的運行 298 習題 300 參考文獻 300 第16章 基因注釋及功能分析 302 16.1 BLAST軟件介紹 302 16.1.1 BLAST軟件安裝 302 16.1.2 相關命令參數介紹 303 16.2 NR注釋 308 16.2.1 NR數據庫制備過程 308 16.2.2 NR注釋過程 309 16.3 COG注釋 310 16.3.1 COG數據庫準備過程 310 16.3.2 COG命令注釋過程 311 16.4 Swiss-Prot注釋 311 16.4.1 數據庫準備 312 16.4.2 Swiss-Prot注釋過程 312 16.4.3 InterPro注釋 312 16.5 KEGG注釋 314 16.6 GO注釋 317 習題 320 參考文獻 321 附錄A 生物信息學文件格式 322
內容介紹 生物信息學是運用生物學、數學、計算機科學等多學科技術與手段進行生物信息的獲取、貯存、分析、利用的一門交叉學科,是目前生物學研究熱門領域之一。本書內容包括兩個篇章:一是Windows下進行文獻檢索、數據庫使用、引物設計、核酸蛋白質序列分析、進化分析、蛋白質結構分析、miRNA分析等理論與方法及相關軟件使用介紹;二是linux下面對於基因組測序、RNAseq、miRNAseq等二代測序數據組裝、基因預測、注釋、表達分析等操作流程及相關軟件介紹。 作者介紹 馮世鵬,中科院廣州生物醫藥與健康研究院生物化學與分子生物學博士畢業,海南大學農學院講師,擔任海南大學本科及研究生的《生物信息學》、《分子生物學》等課程教學任務,承擔過多項重點科研或教研項目。 關聯 本書可作為高等院校生命科學各的專科生、本科生和研究生的教材,也可作為對有志於從事生物信息學研究的讀者作為入門參考書籍。^_^:208e04c499df0d7b7f94256314b926cc ^_^:46483bbf1ae2cc7ae1118fc546f096e9
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