《中國近三百年疑古思潮史綱》與10餘年前出版的《中國近三百年疑古思潮研究》相比，有較大幅度的調整和增訂。
首先對“訂”的部分做一番說明。
首先，此次之“訂”視舊作之冗字冗詞冗句若仇讎，一律刪而去之。論述邏輯上的漏洞也盡可能彌補。另外更重要的還在觀念的調整，即求“事理”之“真”。所以此次所“訂”著力較多者還在觀念方面。
其次，舊作曾對理學的“形上之思”與“形下之用”作過兩分的區別，並且指出：理學的形上之思主要襲取自佛老“二氏”，其形下之用則來自“自家”的傳統文化——主要來自儒學。《中國近三百年疑古思潮史綱》強化了對這一問題的分析。如若不將理學作“形上”、“形下”的區分，對於明代理學向清代考據學的轉軌便終難免霧裡看花未著堂奧。明白了這一理數，則理學清算運動為何以“闢二氏”為津筏便可了然；清代“漢宋之爭”中“道問學”、“尊德性”的確切內涵也就可以看得真切。
再次，此次所“訂”，對“春秋重義不重事”尤其是對劉逢祿的“實予而文不予”及其妄解《左傳》的批判著墨較多，希望以此為剖析魏源、康有為乃至於後起的“古史辨”疑古史學作一先發性的鋪墊。
此外，近代以降，西學東漸。以西學對中土的影響而言，無有可與嚴復版的線性進化論相比肩者。線性進化論同樣也是五四以後“古史辨”疑古史學治史方法論的基石，疑古史學中出現的諸多弊端如過分“證偽”以及時人所批評的“默證法”等，都可以在其中找到線性進化論的理論蹤影。以此，批判地剖析線性進化論，尤其著眼於其對於歷史學發展的負面影響也就成為此次所“訂”的重要內容。
另外一些新的研究成果成了此次“增”的部分。
首先，清初學者戴名世原並不為學界所重視。這或許是因為戴氏早遭《南山集》文字獄迫害而罹難，其著述因此大部飄零散佚而使然。戴氏是清代最早重視老子研究的學者，開清代諸子學研究之先河。是故此次“增訂”，將原發表於《華東師範大學學報》2008年5期的《戴名世學論》補入。
“尊德性”與“道問學”之爭，不僅深刻影響著明清學風的轉軌，是理解理學向考據學推身移步之樞機所在。承襲清初“棄虛蹈實”之風，清儒根本否認宋明儒之“尊德性”也是一門“學”，且其“學”之綿密精致宏闊，連戴震、凌廷堪這樣一些不滿足於斤斤考訂，樂於作“哲理性思辨”的學者卻仍然蔑視宋明儒的“形上之思”。此種學理上顯現的悖論最可見出“漢宋之爭”蔚然成風後的影響。且此種影響一直持續到二十世紀初的“科玄之爭”。即使到了現今也不能說此種影響已經蹤影全無。戴震、凌廷堪種下的思想胎苗到了五四以後終於“弄假成真”，“禮教喫人”竟然發酵為一種社會思潮，並且與廣義的“疑古”產生了息息相關的聯繫。緣此，此次“增訂” 新增了第二章。其中的《“尊德性”還是“道問學”？――以學術本體為視角》發表於《天津社會科學》2008年4期；《“道問學”世風激蕩下的戴學與凌廷堪》原以《戴學與凌廷堪》為題發表於《史林》2008年第3期，此次作了部分文字上的修改。
在五四以後興起的疑古運動中，諸子學研究的諸多課題都曾是學界爭論的熱點。大批一流學者參與到這一場大討論中，大大促進了諸子學研究的“現代轉型”。探討這一諸子學研究的“轉型”過程實質也就是在探討“哲學史”這一門學科如何在中國“落戶”成型的問題。在諸子學問題的大討論中胡適、章太炎、梁啟超恰處在“新老交替”的關節點上。緣此，此次“增訂”將原發表於《華東師範大學學報》2009年第6期的《“新”“老”之爭與諸子學研究的現代轉型》置於第六章中的一節。
蒙文通同樣是一位處於“新老交替”節點上的學人。他能夠既取今文經學重“義”之長以補古文經學枯澀之短；又能取後者重“事”亦即重“史”之長而糾正今文家“春秋重義不重事”方法論的大缺陷。蒙氏身處古史辨疑古思潮世風的激蕩之下，疑古學在蒙氏治學上烙下了深刻的印痕。釐清蒙氏之學既是“現代疑古思潮研究”的應有之義，對於客觀公允地評價以顧頡剛為代表的古史辨疑古運動也具有相當的參考價值。據此，此次將發表於《齊魯學刊》2010年3期的《疑古史學對蒙文通的影響》增補為第六章中的另一節。
錢穆先生的《先秦諸子繫年》不僅是今天進行諸子學研究的必讀經典，此書根本就是20世紀30年代諸子學大討論的直接成果。50年代，因郭沫若《十批判書》涉及“抄襲”錢穆《繫年》而引發了餘英時先生揭露郭沫若的一場學術公案。無論是錢穆的《繫年》還是郭沫若的《十批判書》都可視為疑古運動的產物。考慮到《繫年》與《十批判書》本身即與“疑古思潮”相關聯，且對如何尊重前人的學術成果問題的討論，其於端正當下學界的不正之風亦意義重大。故此次的“增訂”，將《史學月刊》2006年第5期發表的《（互校記）與（先秦諸子繫年）之史源發覆》作為“附錄”收入。
