●第1章 家牛品種資源概況
1.1 普通牛和瘤牛的外形差異
1.2 普通牛和瘤牛的抗病力差異
參考文獻
第2章 候選基因、DNA甲基化、microRNA與蛋白質組學簡況
2.1 候選基因
2.1.1 Toll樣受體家族
2.1.2 RLR家族
2.2 DNA甲基化
2.2.1 DNA甲基化的定義與特征
2.2.2 DNA甲基化在哺乳動物中的應用
2.3 microRNA
2.3.1 microRNA的定義
2.3.2 microRNA的作用
2.3.3 microRNA在家牛中的應用
2.4 蛋白質組學
2.4.1 蛋白質組學在家牛疫病方面的研究進展
2.4.2 蛋白質組學在家畜研究中的應用
參考文獻
第3章 候選基因序列變異與普通牛和瘤牛間抗病力差異分析
3.1 Toll樣受體基因序列變異與雲南普通牛和瘤牛間抗病力差異分析
3.1.1 材料與方法
3.1.2 結果與分析
3.1.3 討論.
3.2 RIG-Ⅰ樣受體基因序列變異與雲南普通牛和瘤牛間抗病力差異分析
3.2.1 材料與方法
3.2.2 結果與分析
3.2.3 討論
參考文獻
第4章 基於全基因組重亞硫酸鹽測序的普通牛與瘤牛的DNA甲基化差異分析
4.1 材料與方法
4.1.1 實驗材料
4.1.2 實驗方法
4.1.3 數據分析
4.2 結果與分析
4.2.1 WGBS數據質量控制和序列比對
4.2.2 數據統計和覆蓋度分析
4.2.3 甲基化C分布趨勢分析
4.2.4 堿基偏好性
4.2.5 甲基化圖譜
4.2.6 差異甲基化分析
4.2.7 GO功能分析
4.2.8 KEGG通路分析
4.3 討論
參考文獻
第5章 普通牛和瘤牛肝、脾組織中microRNA的鋻定及差異表達分析
5.1 材料與方法
5.1.1 實驗材料
5.1.2 實驗方法
5.1.3 數據分析
5.2 結果與分析
5.2.1 高通量測序數據結果
5.2.2 已知miRNA和新miRNA的鋻定及分析
5.2.3 各樣本miRNA的表達分析
5.2.4 已知miRNA和新miRNA的差異表達分析
5.2.5 差異表達已知miRNA的靶基因預測
5.2.6 差異表達已知miRNA靶基因的功能富集分析
5.2.7 RT-qPCR驗證miRNA的表達分析
5.3 討論
參考文獻
第6章 普通牛和瘤牛肝、脾組織的比較蛋白質組學研究
6.1 材料與方法
6.1.1 實驗材料
6.1.2 實驗方法
6.1.3 數據分析
6.2 結果與分析
6.2.1 肝、脾組織蛋白質的質譜結果
6.2.2 差異蛋白分析
6.2.3 蛋白質GO功能注釋分析
6.2.4 蛋白質KEGG通路分析
6.2.5 參與原蟲疾病通路的差異蛋白分析
6.2.6 PRM驗證差異蛋白的結果分析
6.3 討論
參考文獻
附錄
