●第一編 傷寒門
傷寒病方
傷寒癥
陰癥傷寒
傷寒陰陽易成
傷寒初起
傷寒發斑
傷寒口渴
傷寒發黃
傷寒結胸
傷寒譫語
傷寒無汗
傷寒發狂
傷寒搐搦
傷寒中寒
傷寒血結
傷寒腹脹
傷寒脅痛
傷寒頭痛
傷寒喉痛
傷寒下痢
傷寒小便不利
傷寒便秘
傷寒舌出
傷寒氣喘
傷寒不眠
傷寒厥逆
傷寒嘔吐
傷寒嘔逆
傷寒咳嗽
傷寒食積
傷寒肢痛
傷寒目翳
傷寒口瘡
傷寒煩渴
傷寒吐血
傷寒衄血
傷寒下血
傷寒勞復
五勝散秘方
傷寒外治諸方
第二編 內科
肺部病方
肺癰咳唾
肺癰咯血
肺痿咳嗽
肺痿喘嗽
肺損咯血
肺脹上氣
肺熱兼咳
肺熱咳痰
肺痿失音
肺癆
肺癆久咳夾血
咳嗽病方
咳嗽秘方
五種咳嗽
新久咳方
積年久咳
熱咳
冷咳
干咳
咳嗽膿血
年老久咳
咳嗽聲啞
虛癆咳嗽
哮喘病方
哮喘秘方
喘急秘方
氣喘秘方
痰喘秘方
氣喘上逆
哮吼秘方
肺虛喘急
鹽哮秘方
頭部病方
頭風
腦痛
頭痛
頭鳴
偏頭痛
偏正頭風
雷頭風
濕熱頭痛
風熱頭痛
眩暈
痢疾病方
水谷痢
冷痢
水痢
白滯痢
冷熱痢
熱毒痢
紅痢
先紅後白痢
赤痢
赤白痢
五色痢
久痢
休息痢
嗓口痢
孕婦痢疾
疝氣病方
諸疝初起
橫梁疝
狐疝
痧癥方
各種病癥
噤口痧
絞腸痧
疼痧
羊毛痧
斑痧
夏季中暑
……
第三編 外科門
第四編 婦科門
第五編 幼科門
第六編 傷科門
第七編 急救門
第八編 眼科門
第九編 喉科門
第十編 牙科門
第十一編 耳鼻唇舌門
第十二編 皮膚門

《華佗神醫秘方》所載秘方據其用藥主證分析，多能符合中藥之藥理指征，且部分藥方經筆者試用後，確有效驗，可見其多有臨床價值。然病有陰陽表裡、虛實寒熱以及髒腑、體質、男女之不同，且為古方，故不可能盡對現癥。因此，臨證選方時，應以中醫理論為基礎，進行辨證選擇，方能切中病機，尤其是患者自用時，應在有經驗的醫師指導下進行，切忌按圖索驥，盲目應用，以免影響臨床效果或造成不良後果。原書比較粗糙，錯誤較多，在整理過程中部分內容有更正。
本文意在作為一個引子，將《華佗神醫秘方》的主要內容及特點介紹給大家，希能作為參考。如能幫助讀者在臨床解決一兩個實際問題，本人的點校之願即足矣!限於時間倉促，不足或錯謬之處，敬請讀者不吝指教。