1.內容優選、新穎，本書所介紹的發酵床微生物種類、數量、結構等方面的繫統研究尚無報道，是靠前首部闡述有機污染物發酵過程微生物組的變化和作用研究著作。 2.結構合理，本書概述了異位發酵床的發展歷程，介紹了發酵床微生物群落的宏基因組研究方法，揭示發酵床細菌和真菌的種類，繫統的闡述了異位發酵床微生物組多樣性。3.內容詳實、可靠，本書作者專業經驗豐富。

●章  概述 / 1   節  微生物發酵床研究進展 1一、微生物發酵床養豬技術起源 1二、微生物發酵床養豬技術原理 2三、微生物發酵床的管理 2四、發酵床微生物特性研究 3五、微生物發酵床墊料的資源化利用技術 6第二節  基於宏基因組技術分析微生物組研究進展 7一、微生物宏基因組技術發展與應用 7二、細菌群落宏基因組研究進展 10三、真菌群落宏基因組研究進展 21第三節  異位發酵床的原理與結構 32一、異位發酵床原理與處理工藝 32二、異位微生物發酵床結構設計 33三、異位微生物發酵床運行管理 35四、討論 36第二章  發酵床微生物宏基因組研究方法 / 39   節  概述 39一、發酵床的原理與優勢 39二、發酵床微生物群落研究進展 39三、基於宏基因組技術分析微生物組研究 40第二節  基於宏基因組技術分析發酵床微生物組研究方法 40一、發酵床墊料樣本采集及墊料理化性質測定 40二、發酵床墊料的發酵程度等級劃分 41三、宏基因組高通量測序 41四、宏基因組測序數據質控 41五、分類(OTUs)聚類分析 41六、分類(OTUs)抽平處理 41七、核心微生物組(core microbiome)分析 41八、物種分類和豐度分析 42九、樣本復雜度分析 42十、顯著性差異分析 42第三節  發酵床微生物高通量測序與統計工作流程 43一、微生物組高通量測序 43二、短序列去雜 44第四節  微生物發酵床細菌分類（OTU）分析 45一、發酵床細菌分類(OTU)提取 45二、發酵床細菌分類(OTU)比對 45三、發酵床細菌分類(OTU)抽平處理 46四、發酵床細菌分類(OTU)稀釋曲線 46五、發酵床細菌分類(OTU)群落α-多樣性 48六、發酵床部分樣本微生物(OTUs)物種譜繫演化 49第五節  微生物發酵床核心微生物組(OUTs) 分析 50一、發酵床微生物組共有OTUs數與覆蓋樣本數關繫 50二、微生物發酵床鼕季和春季共有與特有微生物組(OTUs)分析 50三、發酵床微生物組(OTUs)豐度主成分分析 51四、發酵床微生物組(OTUs)秩-多度曲線 51五、發酵床微生物組(OTUs)物種累積曲線 52六、發酵床微生物組(OTUs)數量分布 53七、發酵床微生物組(OTUs)豐度柱狀圖分析 53八、發酵床鼕季和春季微生物組(OTUs)豐度柱狀圖分析 54九、發酵床微生物組(OTUs)物種豐度熱圖分析 54十、發酵床微生物組(OTUs)物種豐度星圖分析 54第六節  發酵床微生物組（OTUs）α-多樣性種類復雜度分析 56一、發酵床單個樣本微生物組(OTUs)種類復雜度分析 56二、發酵床鼕季和春季微生物組(OTUs)箱線圖分析 56三、發酵床微生物組(OTUs)α-多樣性指數秩和檢驗 56第七節  發酵床微生物組（OTUs）β-多樣性種類復雜度分析 58一、發酵床樣本間微生物組(OTUs)UniFrac距離 58二、發酵床樣本間微生物組(OTUs)UniFrac距離聚類分析 58三、發酵床樣本間微生物組(OTUs)主成分分析(PCA) 58第八節  發酵床微生物組（OTUs）差異性分析 59一、發酵床微生物組(OTUs)差異效應判別分析(LEfSe) 59二、發酵床不同微生物組(OTUs)差異分析 60三、發酵床屬微生物組(OTUs)差異分析 60四、發酵床鼕季和春季微生物組(OTUs)熱圖和主成分分析 61第九節  發酵床微生物組（OTUs）種類冗餘（RDA）分析 61一、梯度分析 61二、分析結果 62第十節  討論 62一、我國畜禽糞便農業面源污染的治理 62二、微生物宏基因已廣泛應用於微生物生態學研究 63三、養豬發酵床微生物宏基因組分析 63四、發酵床微生物組(OTUs)α-多樣性種類復雜度分析 63第三章  異位發酵床微生物宏基因組分析 / 65   節  樣本采集與數據分析 65一、樣本采集 65二、宏基因組測定 66三、數據分析 67第二節  微生物組種類（OTUs）多樣性指數分析 73一、細菌種類(OTUs)多樣性指數 73二、真菌種類(OTUs)多樣性指數 74第三節  微生物組種類稀釋曲線分析 75一、細菌種類(OTUs)稀釋曲線分析 75二、真菌種類(OTUs)稀釋曲線分析 75第四節  微生物組種類（OTUs）豐度比例結構 77一、細菌種類(OTUs)豐度比例結構 77二、真菌種類(OTUs)豐度比例結構 80第五節  微生物組種類（OTUs）成分分析 83一、微生物種類主成分分析(PCA) 83二、微生物種類主坐標分析(PCoA) 107三、基於Beta多樣性距離的非度量多維尺度分析(NMDS) 108第六節  異位發酵床細菌豐度結構 109第七節  微生物組種類（OTUs）Venn 圖分析 113一、細菌種類Venn圖數據采集 113二、真菌種類Venn圖數據采集 152第四章  異位發酵床細菌微生物組多樣性 / 159   節  細菌群落數量（reads）分布多樣性 159一、細菌門數量(reads)分布結構 159二、細菌綱數量(reads)分布結構 162三、細菌目數量(reads)分布結構 165四、細菌科數量(reads)分布結構 170五、細菌屬數量(reads)分布結構 178六、細菌種數量(reads)分布結構 192第二節  細菌群落種類（OTUs）分布多樣性 193一、細菌門種類(OTUs)分布結構 193二、細菌綱種類(OTUs)分布結構 194三、細菌目種類(OTUs)分布結構 199四、細菌科種類(OTUs)分布結構 202五、細菌屬種類(OTUs)分布結構 209六、細菌種種類(OTUs)分布結構 223第三節  細菌豐度（%）分布多樣性 224一、細菌門豐度(%)分布結構 224二、細菌綱豐度(%)分布結構 229三、細菌目豐度(%)分布結構 236四、細菌科豐度(%)分布結構 242五、細菌屬豐度(%)分布結構 252六、細菌種豐度(%)分布結構 270第五章  異位發酵床真菌微生物組多樣性 / 278   節  真菌群落數量（reads）分布多樣性 278一、真菌門數量(reads)分布結構 278二、真菌綱數量(reads)分布結構 283三、真菌目數量(reads)分布結構 294四、真菌科數量(reads)分布結構 307五、真菌屬數量(reads)分布結構 325六、真菌種數量(reads)分布結構 345第二節  真菌群落種類（OTUs）分布多樣性 365一、真核生物界(OTUs)分布結構 365二、真菌門種類(OTUs)分布結構 366三、真菌綱種類(OTUs)分布結構 367四、真菌目種類(OTUs)分布結構 368五、真菌科種類(OTUs)分布結構 370六、真菌屬種類(OTUs)分布結構 372七、真菌種種類(OTUs)分布結構 374參考文獻 / 378   附錄 / 385   一、真菌分類綱要 3851.鞭毛菌亞門 3852.接合菌亞門 3853.子囊菌亞門 3864.擔子菌亞門 3875.半知菌亞門 3886.名詞解析 389二、細菌分類綱要 3901.細菌 3902.部分細菌名稱 394

本書針對異位發酵床處理豬糞過程微生物組變化進行研究,全書共分5章,分別闡述了微生物發酵床概述、發酵床微生物宏基因組研究方法、異位發酵床微生物宏基因組分析、異位發酵床細菌微生物組多樣性以及異位發酵床真菌微生物組多樣性。另外,書後提供了真菌分類綱要和細菌分類綱要。本書可供從事有機污染物微生物治理及其廢棄物循環利用及相關領域的科研人員、企業技術人員和管理人員參考,也可供高等學校環境科學與工程、生態學及相關專業師生參閱。

劉波等著 著

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