●在開始之前
引言
為什麼要寫這本書？
為什麼隻針對生物學家？
需要使用特定計算機或程序嗎？
寫給使用這本書自學的讀者
寫給使用這本書的教師
超越這本書
如何使用好這本書
第一部分 文本文件
第1章 開始設置
關於文本文件的操作介紹
什麼是文本文件
在一個文本文件內組織數據
文本編輯器
安裝TextWrangler
在文本編輯器裡優化文本外觀
行尾結束符
示例文件
安裝示例文件
探索示例文件
總結
第2章 正則表達式：強大的搜索和替換
一種用於搜索和替換的廣泛語言
了解這個新工具箱的組件
設置文本編輯器
你的第一個通配符：\\w 代替字母和數字
用()來捕獲文本
量詞：用+來對應一個或多個實體
用\\進行標點符號字符轉義
更為特殊的搜索項：\\s \\t \.\\d
示例：分子數據文件的重新格式化
關於生成正則表達式的評論
總結
第3章 探索正則表達式的靈活性
字符集：定義你自己的通配符
用[]定義定制的字符集
應用自定義字符集
否定字符集：用[^]定義自定義字符集
邊界：^開頭和$結尾
使量詞更加精密
另一個量詞：*為零次或多次
用？修改貪婪程度
用{}符號控制匹配的數量
把所有都放在一起
生成替換關鍵詞
構建可靠的搜索
總結
進一步學習
第二部分 Shell命令
第4章 命令行操作：shell
初次接觸：不要懼怕命令行
開始了解shell然後產生興趣
開始了解shell
文件繫統的命令行視圖
路徑
利用shell在計算機裡遨遊
用ls列出文件，用pwd找出你在哪裡
如何用cd來回移動位置
用~表示主目錄
用mkdir和rmdir來添加和移除文件夾
復制文件
移動文件
命令行快捷鍵
向上箭頭鍵
Tab
用命令行參數來修正命令的行為
用less命令瀏覽文件內容
在命令行中使用man命令查看幫助文件
命令行最終會使你的操作更容易
路徑描述中的通配符
復制和移動多個文件
結束你的終端會話
總結
推薦閱讀
……
第三部分 編程
第四部分 多種方法合並
第五部分 繪圖
第六部分 高級話題
附錄
