作 者:蘇紀勇,姚圓 著
定 價:56
出 版 社:北京大學出版社
出版日期:2020年09月01日
頁 數:276
裝 幀:平裝
ISBN:9787301315286
本書主要對蛋白質結構的解析原理、流程與操作步驟進行了詳細而繫統的介紹,包括蛋白質純化結晶、蛋白質晶體衍射數據收集、相關軟件的安裝和使用、蛋白質晶體結構文件提交到PDB數據庫的步驟與使用可視化軟件呈現蛋白質晶體結構的方法。文字簡明易懂,配以大量圖片方便讀者理解。同時為了利於讀者的實際操作,書中簡化了深奧復雜的理論方程與公式,著重講解蛋白質解析的實踐流程,對於需要了解、學習蛋白質晶體解析的生物科技背景研究人員而言具有較高的參考價值。
●第一章蛋白質結晶前準備
第一節目的蛋白質信息檢索與調查
第二節質粒制備
第三節蛋白質純化
第四節蛋白質不表達和包涵體問題
第五節蛋白質活性鋻定
第六節蛋白質結晶前分析
第二章蛋白質結晶與衍射數據收集
第一節蛋白質結晶
第二節蛋白質晶體衍射數據收集
第三章蛋白質晶體結構解析軟件安裝
第一節Linux繫統安裝
第二節蛋白質晶體結構解析軟件安裝
第四章Index、integrate與scale
第一節一些晶體結構學知識
第二節蛋白質晶體結構解析流程
第三節Index和integrate
第四節Scale
第五節使用XSCALE功能進行scale
第六節使用HKL2000進行index、integrate和scale
第五章分子置換、構建優化與結構提交
第一節分子置換
第二節蛋白質晶體結構構建
第三節蛋白質晶體結構優化
第四節蛋白質晶體結構驗證
第五節蛋白質晶體結構提交到PDB
第六章蛋白質晶體結構展示
第一節pdb格式文件簡介
第二節PyMOL制作蛋白質晶體結構圖
第三節使用PyMOL制作蛋白質配體結合位點的信息
第四節使用PyMOL調查蛋白質的溫度因子B-factors
第五節使用PyMOL重疊對比不同的蛋白質晶體結構
第六節使用PyMOL顯示蛋白質晶體結構中配體的電子密度圖
第七節PyMOL結合Chimera實現同時顯示非的蛋白質分子
參考文獻
本書從實用的角度出發介紹了如何解析蛋白質晶體結構。全書分為6章,主要內容包括蛋白質結晶的方法、蛋白質晶體衍射數據收集、蛋白質晶體結構解析軟件的安裝和使用、蛋白質晶體結構文件提交到PDB的步驟及使用軟件呈現蛋白質結構的方法。本書貼近實際操作,避開了各種深層次物理原理和數學知識,更多地講解了軟件操作流程與如何根據參數指標分析蛋白質晶體解析結果,易於具有生物科學背景的研究者理解;適用於蛋白質晶體結構研究領域的初學者和具備一定實驗經驗的研究者。