●第一章緒論
第一節藥物發現
一、藥物發現的歷史進程
二、藥物發現的基本途徑
三、藥物的命名
第二節藥物設計方法
一、合理藥物設計
二、靶點與配基
三、先導化合物的發現
四、藥物作用的體內途徑
五、先導化合物優化
第二章藥物作用的生命科學基礎
第一節疾病病因學
一、分子調控與疾病
二、信號分子與信號傳導途徑
三、外源性分子調控
第二節藥物作用靶點
一、藥物作用靶點的發現及類型
二、生物大分子的結構、特點與功能
三、生物膜與藥物跨膜轉運
第三節藥物與體內生物靶點作用的化學本質
一、藥物與靶點作用的動力學模型
二、藥物與靶點之間的相互作用力
三、藥物與靶點之間的互補關繫
第三章先導化合物發現的基本方法
第一節先導化合物
一、先導化合物的定義
二、先導化合物的確定和標準
第二節先導化合物的發現
一、隨機及偶然發現
二、現有生理活性物質的修飾
三、繫統篩選的應用
四、生物信息的應用
五、合理藥物設計
第三節高通量篩選、組合化學與化合物庫
一、高通量篩選及發展
二、組合化學的基本原理和方法
三、點擊化學及其應用
四、化合物庫的構建
第四章基於靶點結構的先導化合物發現
第一節藥物設計的信息學基礎
一、化學信息學
二、生物信息學
第二節計算機輔助藥物設計概述
一、計算機輔助藥物設計的發展
二、計算機輔助藥物設計的基本理論與方法
第三節基於靶點結構的藥物設計
一、基於靶點結構的藥物設計的基本原理
二、分子對接
三、虛擬篩選
四、全新藥物設計
五、基於碎片的藥物設計
第五章基於配體結構的先導化合物發現
第一節基於配體結構的藥物設計的基本原理
第二節定量構效關繫研究
一、定量構效關繫研究的基礎
二、定量構效關繫模型的建立與應用
三、二維定量構效關繫
四、三維定量構效關繫
第三節藥效團模型法
一、藥效團模型的基礎
二、構建三維藥效團模型的方法
三、基於藥效團模型的虛擬篩選
第六章作用於核酸的先導化合物發現
第一節核酸的生物學基礎
一、核酸及其結構
二、核酸的作用基礎
三、基因技術
四、基因技術在藥物發現中的應用
第二節以核酸為靶點的先導化合物發現
一、以核酸序列為靶點的先導化合物發現
二、以核酸雙螺旋結構為靶點的先導化合物發現
三、影響核苷酸生物合成的先導化合物設計
第七章基於提高藥效的先導化合物優化
第一節先導化合物優化的目標
一、先導化合物優化的準備
二、先導化合物優化的基本原則
三、先導化合物優化的策略
第二節生物電子等排原理
一、生物電子等排原理基礎
二、經典的生物電子等排體
三、非經典的生物電子等排體
四、應用實例
第三節分子雜合設計
一、結構延伸
二、分子拼合
三、分子雜合設計
第四節骨架結構變換
一、利用生物電子等排原理進行骨架結構變換
二、優勢結構變換
三、骨架躍遷
第八章基於改善ADME/T性質的先導化合物優化
第一節藥物在體內的轉運
一、藥物在體內的轉運過程
二、藥物代謝
三、類藥性
第二節藥物副作用的選擇優化
一、藥物的雜泛性
二、基於藥物副作用的選擇性優化
第三節前藥在先導化合物優化中的應用
一、前藥的基本概念
二、前藥設計的原則
三、前藥設計的目的與方法
四、利用前藥原理優化先導化合物
第四節軟藥在先導化合物優化中的應用
一、軟藥的基本概念
二、利用軟藥設計優化先導化合物
第九章以受體和酶為靶點的藥物設計
第一節以受體為靶點的藥物設計
一、受體的基礎知識
二、受體激動劑的設計策略
三、受體拮抗劑的設計策略
第二節以酶為靶點的藥物設計
一、酶的基礎知識
二、酶的激活與抑制
三、酶抑制劑
四、應用實例
第十章肽擬似物
第一節肽類化合物基礎知識
一、肽類化合物的結構特征
二、內源性生物活性肽
三、肽擬似物
第二節肽擬似物設計策略與方法
一、針對肽鏈一級結構的設計
二、針對肽鏈二級結構的設計
三、針對肽整體分子構像的設計
第三節非肽結構的肽擬似物
一、從血管緊張素原到阿利吉侖
二、從替普羅肽到卡托普利
三、從RGD序列到拉米非班抗血栓藥
四、從白三烯D4到普侖司特等哮喘治療藥
第十一章以離子通道為靶點的藥物設計
第一節離子通道簡介
一、離子通道結構與功能
二、與離子通道相關的疾病
三、離子通道相關研究方法
第二節作用於離子通道的藥物設計
一、離子通道的類型
二、作用於鈣離子通道藥物的設計策略
三、作用於鈉、鉀離子通道藥物的設計策略
四、作用於其他離子通道藥物的設計策略
參考文獻

本教材,是"普通高等醫學院校藥學類專業第二輪教材"之一。本教材主要介紹藥物設計學的基本概況和推薦的基礎知識、藥物設計的基本方法、藥物設計在部分領域的應用。本教材各章均設置學習導引、知識鏈接、知識拓展、課堂互動、思考題等模塊。本教材為書網融合教材，即紙質教材有機融合電子教材、教學配套資源（PPT、視頻等）、題庫繫統。
本教材主要供普通高等醫藥院校藥學類、制藥類專業及相關專業的本科生、研究生使用，也可供從事新藥研究和開發的科研人員參考。