北撰著的《水經注》，是一部具有廣泛史料價值的基本典籍，但早在宋代，已經闕佚五卷，而且從傳世宋刻殘本中可以看出，當時即出現有嚴重的錯筒、文字奪落以及《水經》經文所撰注文相混淆的問題。明朝自《永樂大典》寫本以下直到萬歷末年以前的各種刻本和鈔本，舛訛愈甚，一般閱讀存在很大障礙。萬歷四十三年，《水經注箋》刊行於世，開始比較深入地繫統勘正郦審的文字訛誤，《水經注》的面目出現較大改觀，但仍然存留很多問題。清代隨著考據學的興盛，先後有許多學者校勘此書，其中尤以全祖望、趙一清和戴震三人成就卓著。全祖望的主要見解，被趙一清吸收，刊入所著《水經注釋》和《水經注箋刊誤》，戴震的校勘成果，則體現為在《四庫全書》館中所修武英殿聚珍版本《水經注》。在此之後，普通讀者纔能夠順暢閱讀《水經注》一書。
清代中期以後，還有一些人繼續校勘此書，特別是楊守敬在清末撰著《水經注疏》並編繪《水經注圖》，代等
