本書是在我國農業微生物研究與產業化處於快速發展階段，其制品在農業生產作用日益凸顯、國家持續加大支持力度的背景下，我們組織國內從事農業微生物研究、教學、質量標準、生產、技術推廣應用等方面的專家和學者共同編著而成。其主要目的既是為了總結近幾年農業微生物研究與產業化所取得的新成果和新進展，更重要的是力圖從中凝練出未來本領域研究及產業化的發展方向和核心內容，以推動本學科的創新與產業發展。
近10年的農業生產實踐證明，以微生物肥料和微生物農藥為代表的農業微生物產品在維繫與提高土壤生產力、改善農產品品質、降低病蟲害發生、保護農田生態環境以及夯實國家糧食安全等方面起到了不可或缺的作用。因此，農業微生物研究與產業化得到了國家的重視和支持，取得了許多新成果和新進展。農業微生物研究進展突出表現在農用微生物資源、重要農用微生物功能基因組研究和微生物修復三個方面：農業微生物各種類資源建設已躍上一個新臺階，目前我國收集、保藏、鋻定的菌種庫藏資源達15000餘株，並對資源開展了功能基因發現、新代謝物發掘等研究，為農業微生物產業化提供了菌種保證；重要農用微生物功能基因組研究已揭開序幕，其作用機制研究不斷深入，為其應用的拓展和效果的穩定奠定基礎；以土壤的微生物修復和秸稈等有機物料的微生物腐解為代表的研究，取得了顯著進展，提出了土壤的微生物調控措施和消減對策，是實現土壤健康維護及其生產力持續提高的一條根本途徑。現階段是我國農業微生物產業化發展的黃金時期，自2008年以來，無論是國家政策，還是產業化專項，均是有史以來力度、涉及面廣的時期，為我國農業微生物產業發展提供了極其良好的機遇。我國微生物肥料產業近幾年來發展迅速，已形成了800多家生產企業、產能800萬t、產值的產業規模。在國家生物產業發展戰略中，明確指出微生物肥料和微生物農藥是生物農業領域產業的重要產品，是生物產業的組成部分，發展前景廣闊。
本書是農業微生物學各方面專家和學者智慧的結晶。作者中既有我們尊敬的陳文新院士、趙其國院士和老專家，又有年富力強的中青年學者和骨干。本書在內容上，不僅涉及微生物與土壤質量、微生物與養分循環利用、微生物功能基因組與蛋白質組學、微生物作用分子機制、微生物與土壤生物化學、微生物分子生態學、微生物新資源、生物固氮、有機物料的微生物腐解、微生物肥料產業化等研究與應用的熱點領域，而且還涉及微生物農藥、微生物農田環境治理、食用菌等領域。在本書的結構上，分為農業微生物綜合研究進展、微生物肥料研究與產業化、農業微生物其他研究與應用和微生物肥料標準摘錄四個部分；前三部分涵蓋了目前廣受關注的33個重要專題，每一專題從文前引言、目前的主要進展、展望（或應用前景）三個層次進行介紹；在本書的微生物肥料標準摘錄中，摘錄了微生物肥料標準體繫的主要內容。全書的結構與安排，力求為讀者提供查閱和使用的便利。
本書編寫過程中，得到陳文新院士、趙其國院士、葛誠研究員等老專家的支持；陳文新院士親自為本書作序，並提出寶貴建議；各位作者在繁忙的工作中認真收集資料，撰寫文稿；出版社諸多同志對編寫工作給予具體指導和幫助，在此一並致謝。由於時間和經驗所限，作者對部分關注的領域和方向把握不夠全面，疏漏及不足之處在所難免，敬請讀者批評指正。