全書共分為三篇十五章。第一篇為“概論”,全面回顧了國際國內航運生態環境保護的發展歷程,梳理法律體繫,分析了我國航運生態環境保護現狀、問題,提出了應遵循的原則與發展展望。第二篇為“防止航運破壞生態環境”,從防止船舶載運污染危害性貨物造成污染、防止船舶水環境污染、防止船舶大氣環境污染、控制船舶溫室氣體排放、防止船舶噪聲污染、防止船舶攜帶外來生物入侵等生態環境影響因子源項與影響對像展開討論。第三篇為“船舶污染應急與法律責任”,闡述了船舶污染事故的定義、分類、等級劃分與預防要求,討論了船舶污染事故應急處置、污染損害賠償制度,以行政與刑事法律責任為結束,形成了船舶源突發環境事件治理與責任追究技術與法律體繫。