《農村生態環境管理與實踐》立足史情、國情、民情，力求深入研究我國農業農村污染問題癥結，以同為東亞小農型農業的日本為參照，在借鋻吸收國外經驗的同時，探索我國鄉村振興戰略下補齊農村生態環境短板的路徑選擇和具體舉措。
《農村生態環境管理與實踐》上篇梳理了我國農村生態環境管理的歷程、污染治理的成效和環境管理現狀，抓住結構這一根本癥結，剖析農村生態環境問題突出、工作滯後的主要原因。同時，深入研究日本在其社會經濟發展歷程中如何化解農業農村污染問題，更加客觀地看待我國當前面臨問題的必然性，提出適應我國“三農”特點、科學有效的生態環境管理體繫建議。
《農村生態環境管理與實踐》下篇涵蓋了農村人居環境整治、養殖業污染防治、種植業污染防治三大方面，總結了近年來各地農村環境綜合整治和農業污染治理的實踐經驗，提煉了一些可復制、可推廣的治理模式。借鋻國內外經驗，形成農村生活污水垃圾治理、畜禽和水產養殖污染防治、農藥化肥減施增效、秸稈農膜資源化利用等四大類技術集成，提出了農業農村主要生態環境問題的治理對策和措施，既是多年來全國各地經驗做法的總結提升，也是課題組近年來在此領域深入研究的成果凝練。