目前，執行地表水（環境）功能區劃和國家地表水環境質量標準是我國區域性水環境管理的主要手段，以此為核心圍繞水質目標、水環境功能區達標制定水環境管理的策略和方法，在解決我國水資源管理、水污染控制等方面發揮了重要作用，卻難以滿足恢復和保護流域生態繫統健康的需求，特別是對物種和種群的保護、棲息地的恢復、濕地的保護、生態容量、水陸統籌管理等，缺乏行之有效的管理手段。
2015年9月，中共中央、國務院印發《生態文明體制改革總體方案》，明確提出要樹立山水林田湖是一個生命共同體的理念，按照生態繫統的整體性、繫統性及其內在規律，統籌考慮自然生態各要素，進行整體保護、繫統修復、綜合治理，增強生態繫統循環能力，維護生態平衡。2015年4月，國務院出臺《水污染防治行動計劃》，其中第二十五條“深化重點流域污染防治”明確提出“研究建立流域水生態環境功能分區管理體繫”。
水生態環境功能分區，是依據河流生態學中的格局與尺度理論，反映流域水生態繫統在不同空間尺度下的分布格局，基於流域水生態繫統空間特征差異，結合人類活動影響因素而提出的一種分區方法。它是水環境管理從水質目標管理向水生態健康管理拓展的基礎，是確定流域水生態保護與水質管理目標的基礎。國家“水體污染控制與治理科技重大專項”在“十一五”期間開展了水生態環境功能分區研究，完成了全國十大流域水生態一級、二級分區的劃分，並重點劃分了太湖、遼河兩大流域三級分區；“十二五”期間在太湖流域又進一步開展了三級水生態功能分區的示範與應用研究。
為了推進江蘇省生態文明建設，改善流域水環境質量，加強流域水生態環境保護，保障流域水生態繫統健康，在之前研究成果基礎上，進一步結合江蘇省實際情況，通過對太湖流域水文一水質一水生態的繫統調查、水生態健康指數指標體繫的建立、流域重要保護物種的研究，在太湖流域（江蘇）劃分了49個水生態環境功能分區，對各生態分區的生態功能與服務功能的判別，制定了三類四級水生態管控目標，初步構建了太湖流域（江蘇）分區、分級、分類、分期水生態健康管理體繫，進而推進江蘇省環境管理實現“四個轉變”：從保護水資源的利用功能向保護水生態服務功能轉變，從單一水質目標管理向水質、水生態雙重管理轉變，從目標總量控制向容量總量控制轉變，從水陸並行管理向水陸統籌管理轉變，促進流域水生態繫統健康與社會經濟協調可持續發展。
該項工作始於“水專項”研究，但也受到了江蘇省環保廳領導的高度重視，研究成果多次征詢了環保部原污防司、江蘇省各相關部門、太湖流域各地市政府、太湖流域各地市環保繫統以及江蘇省太湖流域水污染防治辦公室相關領導和專家的意見和建議，目前己融入江蘇省環保廳的行政管理工作之中。成果為地方政府建立了一套基於水生態環境功能分區的流域水生態健康管理體繫，實現了與現有水環境管理日常工作的並軌運行。研究形成的水生態管理、空間管控和物種保護三大類目標將分為分近、遠期實施，指導地方政府對水生態環境功能分區進行考核與管理，進而為江蘇省太湖流域的水環境、水生態管理、各區域制定社會經濟發展規劃、環境管理制度等工作提供基礎依據，為江蘇省太湖流域水環境管理決策提供基礎支撐，促進環境與經濟發展相協調，保障生態繫統健康與經濟可持續發展，*終實現推動流域污染物總量減排，水質改善、水生態健康的目標。
《江蘇省太湖流域水生態環境功能分區技術及管理應用》是國家水體污染控制與治理科技重大專項“太湖流域（江蘇）水生態功能分區與標準管理工程建設”課題“太湖流域（江蘇）水生態功能分區管理示範”子課題（編號：2012ZX07506-001-001）研究成果的總結。