未培養微生物多樣性的統計性估測
  1  引言
  2  豐度數據
    2.1  參數豐度模型
    2.2  非參數豐度模型
    2.3  基於覆蓋度的估計
    2.4  討論
  3  發生率數據
    3.1  參數發生率模型
    3.2  發生率非參數模型
    3.3  基於覆蓋度的發生率非參數模型
    3.4  含有協變量的模型
  4  評論
  附錄：軟件
  參考文獻
大規模平行測序表征微生物種群結構
  1  微生物多樣性和可棲息性
  2  對微生物分類學和生態學的分子影響
  3  大量平行DNA焦磷酸測序和微生物多樣性
  4  rRNA高可變區焦磷酸序列的生物信息學解釋
  5  微生物多樣性和“稀有生物圈”的拓展性展望
  6  大規模平行DNA測序和微生物種群結構的未來調查
  參考文獻
用微陣列技術檢測和鋻定未培養微生物
  1  引言
  2  微芯片的類型
    2.1  繫統發育寡核苷酸芯片(POAs)
    2.3  群落基因組芯片
    2.4  宏基因組芯片
    2.5  全基因組開放閱讀框芯片
    2.6  同位素芯片
    2.7  其他類型的芯片
  3  微芯片的應用
    3.1  微生物檢測
    3.2  微生物種群動力學和活性
    3.3  微生物鋻定
  4  芯片分析所面臨的挑戰及其局限性
    4.1  依賴於已培養生物和／或已知序列的分析
    4.2  芯片分析的靈敏度
    4.3  特異性
    4.4  芯片的定量性
    4.5  數據分析和標準化
  5  結束語
  參考文獻
天然實驗室：來自未培養甲烷營養菌的經驗
  1  引言
  2  厭氧嗜甲烷菌的發現
  3  海底厭氧嗜甲烷菌的鋻定及定量
  4  從原位觀測到體外富集
    4.1  尋找AOM熱點
    4.2  能量限制：甲烷及硫酸鹽的供應及終產物的移除

    4.3  最適溫度與pH
    4.4  避氧
    4.5  其他生長需求
    4.6  ANME與伴生菌富集的抑制或解偶聯
  5  展望：其他分離技術
  參考文獻
不可培養微生物的單細胞全基因組擴增
  1  引言
  2  細胞分離方法
    2.1  微液滴捕獲法
    2.2  技術
    2.3  熒光激活細胞分類技術(FACS)
    2.4  微流控術
  3  單個細胞的DNA分離和擴增
  4  測序和基因組裝配
  5  從基因組學到生物學
  參考文獻
生長緩慢異養微生物的生理生態適應性及培養的結果
  1  引言
  2  資源和營養限制的生長
    2.1  生物量水平的營養限制
    2.2  生長速率的營養限制
  3  對營養限制的生理適應
  4  效率 Vs.快速生長
  5  生長緩慢作為增加可培養能力的一項策略
  6  為什麼有大平板計數異常(GPCA)？
  7  總結
  參考文獻
可育但不可培養細菌
  1  引言
  2  霍亂弧菌和其他物種的可育但不可培養狀態
  3  VBNC細胞的計數方法
  4  霍亂暴發模型
  參考文獻
微生物不可培養性的普適性模型
  1  引言
  2  不可培養微生物的原位培養
    2.1  方法一：擴散室(DiffusionChamber)
    2.2  方法二：分離芯片(Ichip)
  3  不可培養微生物的體外生長及其馴化
    3.1  獲得不可培養物種的可培養變種
    3.2  微生物的共生生長和共培養
  4  不可培養機制：MSC33的個案研究
  5  微生物的種群中的異質性
  6  對大平板計數異常現像的解釋
    6.1  模型
    6.2  模型對不可培養現像及更多現像的解釋
    6.3  探索者模型的含義
  7  結論
  參考文獻
未培養微生物的宏基因組和新抗生素發現
  1  次級代謝物與抗生素
    1.1  次級代謝物介紹
    1.2  新抗生素將來自於何處？
    1.3  微生物多樣性和宏基因組學
  2  以土壤DNA用於藥物發現的早期宏基因組實驗
    2.1  hsp70、gyrA、纖維素酶及其他
    2.2  eDNA文庫和異源表達
    2.3  信號、抗性、Turbomycins和Terragines
  3  從eDNA中克隆次級代謝生物合成途徑的進展.
    3.1  次級代謝物途徑集約模型
    3.2  “制約”宏基因組
    3.3  更好的載體
    3.4  更好的宿主
    3.5  文庫的大小
    3.6  最新篩選
  4  結論
  參考文獻
耐受性菌株、生物被膜和可培養性問題
  1  耐受性細胞的發現
  2  生物被膜與耐受性菌株的復蘇
  參考文獻
把概念推向極限：不可培養細菌與太空生物學
  1  微生物培養
  2  表型生長
  3  生命指征
  4  無生長發生時的生命檢測
  5  生命的動力學指征
  6  地球以外樣品中尋找生命
  7  不可培養的外星生命
  8  有關生命起源及生命的早期進化的建議：思考素材
  參考文獻
譯者後記