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  • R語言及Bioconductor在基因組分析中的應用
    該商品所屬分類:自然科學 -> 生物科學
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    336-488
    【優惠價】
    210-305
    【作者】 孫嘯 
    【所屬類別】 圖書  自然科學  生物科學  普通生物學 
    【出版社】科學出版社 
    【ISBN】9787030166654
    【折扣說明】一次購物滿999元台幣免運費+贈品
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    內容介紹


    開本:16開
    紙張:膠版紙
    包裝:平裝

    是否套裝:否
    國際標準書號ISBN:9787030166654
    叢書名:生命科學實驗指南繫列

    作者:孫嘯
    出版社:科學出版社
    出版時間:2007年12月 


        
        
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    編輯推薦

    從事統計分析或者生物信息學研究的工作人員和研究生,另外一類讀者是其他領域的計算機應用人員
     
    內容簡介
    本書是國內本繫統介紹R語言及Bioconductor軟件包的圖書。R是一種計算機程序設計語言,也是一個開放式的軟件開發平臺。R具有強大的數學統計分析和科學數據可視化功能,提供各種數據處理、統計分析及圖形顯示工具。軟件研究人員可以在R這個開放平臺上不斷擴充R的功能,開發出面向特定應用的軟件。Bioconductor就是一個基於R的、面向基因組信息分析的應用軟件集合。Bioconductor的應用功能主要是以包的集成形式呈現在用戶面前,它提供的軟件包中包括各種基因組數據分析和注釋工具,其中大多數工具是針對基因芯片或DNA微陣列數據的處理、分析、注釋及可視化。同時,Bioconductor還提供許多與DNA微陣列相關的數據包。本書分為上下兩篇,分別介紹R和Bioconductor軟件包,介紹Bioconductor在基因組分析中應用。
    目錄
    前言
    上篇 R語言
    第1章 R語言簡介
    1.1 平臺
    1.2 R語言的發展簡史
    1.3 R語言和統計學
    1.4 運行R語言的環境及安裝
    1.5 交互式使用R語言
    第2章 R語言的基本數據結構
    2.1 向量的賦值
    2.2 向量的基本運算
    2.3 構造向量
    2.4 邏輯向量
    2.5 字符向量前言
    上篇 R語言
    第1章 R語言簡介
    1.1 平臺
    1.2 R語言的發展簡史
    1.3 R語言和統計學
    1.4 運行R語言的環境及安裝
    1.5 交互式使用R語言
    第2章 R語言的基本數據結構
    2.1 向量的賦值
    2.2 向量的基本運算
    2.3 構造向量
    2.4 邏輯向量
    2.5 字符向量
    2.6 復數向量
    2.7 獲取向量子集和修正向量子集
    2.8 常量
    第3章 R語言對像
    3.1 對像的基本屬性
    3.2 改變對像的長度
    3.3 獲取對像的屬性
    3.4 獲取對像類
    第4章 分組因子
    4.1 分組因子
    4.2 聚集計算
    4.3 排序
    第5章 數組和矩陣
    5.1 定義數組
    5.2 數組子集操作
    5.3 構造數組
    5.4 數組計算
    5.5 矩陣
    5.6 數組矩陣合並
    5.7 定義數組的操作
    第6章 數據列表和數據單
    6.1 數據列表
    6.2 構造數據列表
    6.3 數據列表操作
    6.4 數據單
    第7章 導入導出數據
    7.1 高級函數
    7.2 低級函數
    7.3 命令臺輸入輸出以及格式化
    7.4 使用R語言內含的數據集
    第8章 組合表達式和控制語句
    8.1 組合表達式
    8.2 控制語句
    第9章 函數
    9.1 排序的例子
    9.2 定義新的操作符
    9.3 參數名和參數缺省定義
    9.4 ‘...’形式的參數(虛參)
    9.5 函數和變量的作用範圍
    9.6 類、通用函數和面向對像
    9.7 調試
    9.8 操作符號的優先級
    第10章 包
    10.1 標準包
    10.2 擴展包和CRAN
    10.3 包命名空間
    10.4 R語言中常用的包
    第11章 R語言中的統計
    11.1 R語言中的概率分布
    11.2 從離散數據集分析概率分布特性
    11.3 回歸分析
    第12章 圖形函數
    12.1 高級圖形命令
    12.2 低級圖形函數
    12.3 與圖形進行交互
    12.4 利用圖形參數
    12.5 圖形參數列表
    12.6 設備驅動
    12.7 動態圖形
    下篇 Bioconductor及其應用
    第13章 Bioconductor與DNA微陣列數據處理
    13.1 Bioconductor簡介
    13.2 DNA微陣列
    13.3 微陣列數據處理與分析
    13.4 Bioconductor開發背景
    13.5 Bioconductor各種包的分類介紹
    第14章 Bioconductor的使用
    14.1 Bioconductor的獲取和安裝
    14.2 Bioconductor快速入門
    14.3 Bioconductor應用實例
    第15章 數據庫訪問
    15.1 Rdbi軟件包
    15.2 RdbiPgSQL軟件包
    15.3 SAGElyzer軟件包
    第16章 圖形及用戶接口
    16.1 widget Tools包
    16.2 tk Widgets包
    16.3 geneplotter包
    16.4 hexbin包
    16.5 limma GUI包
    16.6 affylm GUI包
    16.7 webbioc包
    第17章 圖結構
    17.1 graph包
    17.2 RGBL包
    17.3 Rgraphviz包
    17.4 SNAData數據包
    第18章 通用工具
    18.1 repos Tools包
    18.2 Biobase包
    18.3 Biostrings包
    18.4 DynDoc包
    18.5 Ruuid包
    18.6 ctc包
    18.7 convert包
    18.8 Icens包
    18.9 expr External和external Vector軟件包
    第19章 注釋
    19.1 annotate包
    19.2 AnnBuilder包
    19.3 Resourcer包
    19.4 SNPtools包
    19.5 Data packages包
    第20章 基因本體學
    20.1 go Tools包
    20.2 onto Tools包
    20.3 GO stats包
    第21章 微陣列數據預處理
    21.1 affy包
    21.2 affycomp包
    21.3 affydata包
    21.4 affypdnn包
    21.5 affyPLM包
    21.6 gcrma包
    21.7 makecdfenv包
    21.8 annaffy包
    21.9 marray包
    21.10 matchprobes包
    21.11 vsn包
    第22章 數據分析
    22.1 daMA包
    22.2 edd包
    22.3 factDesign包
    22.4 genefilter包
    22.5 globaltest包
    22.6 gpls包
    22.7 multtest包
    22.8 pamr包
    22.9 Measurement Error.cor包
    22.10 limma包
    22.11 ROC包
    22.12 siggenes包
    22.13 splicegear包
    22.14 RMAGEML包
    第23章 微陣列比較基因組雜交
    23.1 aCGH包
    23.2 DNAcopy包
    第24章 蛋白質組學
    24.1 PROcess包
    24.2 gpls包
    24.3 apComplex包
    主要參考文獻
    附錄 R語言常用功能一覽表


     
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