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  • 生物信息學基礎教程
    該商品所屬分類:自然科學 -> 生物科學
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    651-944
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    407-590
    【作者】 張洛欣,馬斌 編著 
    【所屬類別】 圖書  教材  研究生/本科/專科教材  工學圖書  自然科學  生物科學  生物工程學 
    【出版社】高等教育出版社 
    【ISBN】9787040418255
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    內容介紹



    開本:16開
    紙張:膠版紙
    包裝:平裝

    是否套裝:否
    國際標準書號ISBN:9787040418255
    作者:張洛欣,馬斌編著

    出版社:高等教育出版社
    出版時間:2015年01月 

        
        
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    內容簡介
    《生物信息學基礎教程》根據兩位作者張洛欣、馬斌多年的教學與科研經驗創作而成,兼顧學科基礎和研究前沿。全書著重於生物信息學的基礎理論和主要軟件,覆蓋該學科幾乎所有的主要方面:雙序列的比較、快速比對和序列數據庫的查詢方法、多序列比較、DNA序列中素、分子進化樹分析、基因組重組、蛋白質組學中的質譜分析等。書中配有大量習題,其難易程度用星號標注,其中個別未解決問題特別注明,可以作為研究生的研究課題。

    本書不僅適合作為高年級本科生和研究生開設生物信息學或計算生物學的教材,也可供希望了解生物信息理論和工具的生命科學、數學和計算機等方向的科研人員閱讀參考。
    目錄
    章 生物序列比對
    §1.1 DNA、RNA和蛋白質
    §1.1.1 DNA分子
    §1.1.2 蛋白質分子
    §1.1.3 RNA分子
    §1.1.4 從基因到蛋白質的信息傳遞
    §1.2 比對:序列比較的模型
    §1.3 比對圖
    §1.3.1 定義
    §1.3.2 雙序列之間比對的總數目
    §1.4 比對的記分法則
    §1.5 全序列比對:動態規劃算法
    §1.5.1 基本算法
    §1.5.2 使用仿射空位罰分的算法章  生物序列比對

      §1.1 DNA、RNA和蛋白質

        §1.1.1 DNA分子

        §1.1.2 蛋白質分子

        §1.1.3 RNA分子

        §1.1.4 從基因到蛋白質的信息傳遞

      §1.2 比對:序列比較的模型

      §1.3 比對圖

        §1.3.1 定義

        §1.3.2 雙序列之間比對的總數目

      §1.4 比對的記分法則

      §1.5 全序列比對:動態規劃算法

        §1.5.1 基本算法

        §1.5.2 使用仿射空位罰分的算法

        §1.5.3 *全序列比對的C語言程序

      §1.6 局部比對:Smith-Waterman算法

        §1.6.1 Smith-Waterman算法

        §1.6.2 *局部比對的C語言程序

      §1.7 占用空間的比對算法

      §1.8 比對蛋白質序列所使用的打分矩陣

        §1.8.1 打分的統計基礎

        §1.8.2 BLOSUM矩陣繫列

      參考文獻

      練習題

    第二章  快速比對方法

      §2.1 同源序列查詢和數據庫搜索

      §2.2 序列中的字分布

        §2.2.1 DNA序列的隨機模型I:一致獨立分布

        §2.2.2 DNA序列的隨機模型II:馬爾可夫鏈.

      §2.3 字匹配的散列表方法

      §2.4 點陣法

      §2.5 *FASTA程序

      §2.6 BLAST程序

        §2.6.1 基本算法:連續核的概念

        §2.6.2 E-值的計算公式

        §2.6.3 BLAsT程序繫列

      §2.7 散核方法

        §2.7.1 散核模型

        §2.7.2 散核的優化

        §2.7.3 基於散核的相似性查找的程序實現

        §2.7.4 多散核

        §2.7.5 *其他有關散核的研究

      參考文獻

      練習題

    第三章  多序列比對

      §3.1 為什麼需要比對多個生物序列?

      §3.2 模體、譜、共識序列

      §3.3 Logo:一個序列保守區域的可視化方法

      §3.4 多序列比對的SP分數

      §3.5 多序列比對的復雜性

        §3.5.1 動態規劃算法

        §3.5.2 NP-難解性

      §3.6 漸進式比對

        §3.6.1 漸進式的基本策略

        §3.6.2 Feng-Doolittle比對算法

      §3.7 近似算法

        §3.7.1 序列編輯距離

        §3.7.2 星型比對算法

      §3.8 多序列比對實用程序

        §3.8.1 ClustalW

        §3.8.2 MUSCLE

        §3.8.3 其他多序列比對程序

      §3.9 基因組的比對

      參考文獻

      練習題

    第四章  隱馬爾可夫模型及基因序列的識別

      §4.1 隱馬爾可夫模型

        §4.1.1 隱馬爾可夫模型的定義

        §4.1.2 隱馬爾可夫模型的基本問題

      §4.2 基本算法

        §4.2.1 前向算法和後向算法

        §4.2.2 viterbi算法

        §4.2.3 建模算法

      §4.3 蛋白質簇的隱馬爾可夫鏈模型

        §4.3.1 譜HMM

        §4.3.2 從多序列比對到譜HMM

        §4.3.3 從譜HMM到多序列比對

        §4.3.4 Pfam數據庫

      §4.4 GENSCAN:預測人基因組中的全基因結構程序

        §4.4.1 真核生物基因的結構

        §4.4.2 半HMM

        §4.4.3 基因的Burge-Karlin模型

        §4.4.4 自動識別人基因組中的基因序列

      參考文獻

      練習題

    第五章  分子進化樹分析

      §5.1 達爾文的進化樹

      §5.2 進化樹的數學性質

        §5.2.1 基本概念

        §5.2.2 進化樹的個數

        §5.2.3 常見的無根進化樹變換

        §5.2.4 進化樹之間的距離

        §5.2.5 二叉樹和多叉樹

      §5.3 構建分子進化樹I:Parsimony方法

        §5.3.1 Fitch算法

        §5.3.2 尋找簡約進化樹

      §5.4 構建分子進化樹II:基於距離的方法

        §5.4.1 加權進化樹和距離矩陣

        §5.4.2 計算序列間的距離

        §5.4.3 Neighbor-Joining算法

        §5.4.4 UPGMA算法

      §5.5 構建分子進化樹III:似然法和貝葉斯方法

        §5.5.1 似然法

        §5.5.2 *貝葉斯方法

      §5.6 *構建分子進化樹的兩個實際問題

        §5.6.1 一致性和長分支相吸現像

        §5.6.2 Bootstrap分析

      §5.7 祖先狀態的推斷

        §5.7.1 問題的定義

        §5.7.2 sankoff算法

        §5.7.3 似然法

        §5.7.4 推斷方法的準確率

      §5.8 基因樹和物種樹的融合

        §5.8.1 基因簇和基因樹

        §5.8.2 基因樹和物種樹的融合的定義

        §5.8.3 推斷基因復制事件

      參考文獻

      練習題

    第六章  計算蛋白質組學

      §6.1 基礎知識

        §6.1.1 氨基酸和肽的質量

        §6.1.2 質譜儀和質譜

        §6.1.3 同位素峰、誤差和噪音

        §6.1.4 連續質譜

        §6.1.5 復雜蛋白樣本的處理

        §6.1.6 肽鋻定的基本方式

      §6.2 肽從頭測序

        §6.2.1 打分函數

        §6.2.2 PEAKS算法

        §6.2.3 譜圖算法

      §6.3 搜庫及其統計學驗證

        §6.3.1 打分函數

        §6.3.2 對結果的質控

      §6.4 翻譯後修飾

      §6.5 其他研究課題

        §6.5.1 定量分析

        §6.5.2 糖鋻定

        §6.5.3 新型肽鋻定方法

        §6.5.4 其他分子的鋻定

      參考文獻

      練習題

    索引

    英漢術語對照


     
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