《精編<神農本草經>藥物彩色圖本》分三卷，收錄藥物365種，按照功效分為上、中、下三品。上品120種，主要是一些無毒藥，以滋補營養為主，既能祛病，長服又可強身延年；中品120種，一般無毒或有小毒，多數具補養和祛疾雙重功效，但不需久服；下品125種，是以祛除病邪為主的藥物，多數有毒或藥性峻猛，容易克伐人體正氣，使用時一般病愈即止，不可過量使用。另外，《本經》依循《內經》提出的君、臣、佐、使的組方原則，將方劑藥物以朝中的君臣地位分，表明其主次關繫和配伍的法則。
《精編<神農本草經>藥物彩色圖本》對藥物性味已有了詳盡的描述，指出寒、熱、溫、涼四氣和酸、苦、甘、辛、咸五味是藥物的基本性情，可針對疾病的寒、熱、濕、燥性質的不同選擇用藥，寒病選熱藥，熱病選寒藥，濕病選溫燥之品，燥病須涼潤之流，相互配伍，並參考五行生克的關繫。人們隻有對藥物的歸經、走勢、升降、浮沉都很了解，纔能選藥組方，配伍用藥。