心內膜墊的發育和心肌化當心髒初步形成時，心肌和心內膜細胞層由一個習慣上被稱之為“心膠質”的無細胞層將其分開[90]。心膠質可以被認為是一種基底膜，位於兩層並列的上皮之間（心肌和心內膜），並含有傳統的基底膜蛋白。初始階段，這些分子的產生和分布極大程度上受到相鄰的房室心肌產生的因子的控制[91,92]。在早期襻化心髒的流出道和房室區域內心膠質發生凝聚，形成相對的突起物。由此形成的心內膜墊，與具有特殊收縮功能的房室連接和流出道心肌一起，達到防止逆向血流產生的目的[93]。房室心內膜墊也參與心髒纖維交叉上間質組織的形成，包括房室瓣和中心纖維體[94]。胚胎期流出道的心內膜墊參與形成主動脈肺動脈間隔、半月瓣和圓錐隔[95]。在心內膜墊的形態發生學過程中，定居到原有的無細胞心膠質中的間質細胞集群來源於心髒的內膜細胞[67,96]和一個心外膜來源的細胞集群，該細胞集群移行入房室墊，但不進入流出道墊[97]。

      內皮侵入心膠質是一個真正的細胞轉分化過程，從典型的上皮細胞轉變成獨立移行的成纖維細胞樣間質細胞[98-100]。這個過程有些類似於細胞惡變過程中的細胞變化，這個過程至少部分受到TGFβ介導的信號轉導的控制[101,102]。隻有來自流出道和房室墊的心內膜有能力進行這種變，隻有流出道和房室連接處的心肌能夠誘導此轉變[101,103]。不是所有的房室區域和圓錐動脈干區域的心內膜細胞都參與這種變化；隨著移行過程的進行，剩餘的心內膜細胞進行分裂以補充其數量。間質細胞也主動復制，並參與到墊結構中[99]。近的數據提示類似的上皮間充質過程可能也參與粥樣斑塊中新內膜的形成 [104]。

      心肌化是心內膜墊間質被心肌取代的過程[89]。心髒內所有的間隔結構—室間隔、房間隔和圓錐隔，一定程度上都是通過非心肌的間質墊融合構建的。心肌化承擔著肌性圓錐隔和肌性室間隔的流入道及前部流出道的形成。在人類中，房室膜性間隔是來源於心內膜墊組織的非心肌間隔結構。根據Cre-Lox細胞示蹤研究，圓錐墊的心肌化可能主要涉及心肌細胞向墊組織內的侵入。這一過程的控制機制不明[89,105,106]。