根據人類學家的研究，大約30萬年前，遠古人類就開始日常用火，這使食物中的細菌、寄生蟲(卵)、病毒和其他微生物大大減少，可以推測這應當是人類腸道微生態發生的*次巨變，也可以說，“火”將人類胃腸道的微生物進行了一次“格式化”。第二次巨變發生在距今1．2萬年左右出現的農業革命時期，當時人類開始馴化動植物、飼養寵物，由於食物多樣性的降低，腸道微生物的種類亦發生了相應的減少。*近的一次變化同樣與一場“革命”有關，這就是所謂的工業革命，始於200年前的工業革命使家庭和社群被國家和市場取代；隨著動植物大規模絕種，以及食品工業和肉食動物飼料加工業的發展，人類食用到“純天然”食物的機會越來越少，腸道菌群的多樣性也隨之降低，也導致了包括腫瘤、炎癥性腸病(inflammatorybowel disease，IBD)在內的許多疾病的發生，例如食品添加劑的應用可能與IBD的發病有關。