第1章概述 1
1.1  什麼是R和R Commander 1
1.2  簡要回顧R和R Commander 3
1.3  章節概要 5
1.4  進一步說明 6
1.5  本書資源網站 7
第2章R和R Commander的安裝 9
2.1  獲取並安裝R和R Commander 9
2.2  在Microsoft Windows上安裝R和R Commander 10
2.3  在Mac OS X上安裝R和R Commander 14
2.3.1為Mac OS X安裝X11(XQuartz)窗口繫統 15
2.3.2  安裝Rcmdr程序包及其附屬程序包 16
2.3.3  防止Mac睡眠模式影響R 16
2.3.4  故障排除 17
2.4  在運行Linux和UNIX的計算機上安裝R和R Commander 17
2.5  安裝可選的輔助軟件：Pandoc和LaTeX 18
第3章快速瀏覽R Commander 21
3.1  啟動R Commander 21
3.2  R Commander的界面 22
3.3  將數據讀入R Commander中 25
3.4  檢查和重新編碼變量 29
3.5  制作列聯表 37
3.6  創建報告 39
3.6.1  通過剪切和粘貼創建報告 40
3.6.2  將報告創建為動態文檔 41
3.7  編輯命令* 48
3.8  終止R Commander會話 51
3.9  自定義R Commander* 52
3.9.1  使用“Commander選項”對話框 52
3.9.2  設置Rcmdr程序包選項 54
3.9.3  在R Commander中管理顏色 55
3.9.4  保存R Commander選項 56
第4章數據輸入與數據管理 59
4.1  數據管理概述 59
4.2  數據輸入 60
4.2.1  在R Commander數據編輯器中輸入數據 60
4.2.2  從純文本文件中讀取數據 63
4.2.3  從電子表格和其他來源導入數據 65
4.2.4  訪問R程序包中的數據集 70
4.3  從R Commander保存和導出數據 72
4.4  修改變量 73
4.4.1  重新編碼變量 73
4.4.2  計算新變量 75
4.4.3  變量的其他操作 78
4.5  操作數據集 81
4.5.1  對數據集的特殊操作* 82
4.5.2  選取部分案例 83
4.5.3  合並數據集* 85
第5章數據彙總和圖形化 89
5.1  簡單的數值總結 89
5.2  列聯表 93
5.3  繪制變量分布圖 95
5.3.1  圖形化數值數據 95
5.3.2  圖形化分類數據 99
5.4  繪制關繫圖 102
5.4.1  簡單的散點圖 102
5.4.2  增強型散點圖* 104
5.4.3  散點圖矩陣 105
5.4.4  散點圖和散點圖矩陣中的點識別 107
5.4.5  3D散點圖* 108
5.4.6  繪制平均數 110
第6章簡單的統計檢驗 113
6.1  平均數檢驗 113
6.1.1  獨立樣本的平均數差異T檢驗 113
6.1.2  單因素(因子)方差分析 116
6.1.3  雙因素(因子)和多因素(因子)方差分析 121
6.2  比例檢驗 123
6.3  方差檢驗 126
6.4  非參數檢驗 127
6.5  其他簡單檢驗* 128
第7章擬合線性模型和廣義線性模型 131
7.1  線性回歸模型 131
7.2  帶有因子的線性模型* 134
7.2.1  線性模型公式 135
7.2.2  邊際原則 136
7.2.3  使用加拿大職業聲望數據的例子 137
7.2.4  虛擬變量和因子變量的其他對比方式 141

7.3  擬合回歸樣條和多項式* 144
7.3.1  多項式項 144
7.3.2  回歸樣條 146
7.4  廣義線性模型* 147
7.5  其他回歸模型* 151
7.6  可視化線性模型和廣義線性模型* 151
7.7  繫數的置信區間和假設檢驗 156
7.7.1  置信區間 157
7.7.2  方差分析和偏差表分析* 157
7.7.3  檢驗比較模型* 159
7.7.4  檢驗線性假設* 161
7.8  回歸模型診斷* 162
7.9  模型選擇* 166
第8章概率分布與模擬 169
8.1  運用概率分布 169
8.1.1  連續型分布 169
8.1.2  離散型分布 172
8.2  繪制概率分布 173
8.3  簡單隨機模擬 175
8.3.1  設置R偽隨機數發生器的種子 176
8.3.2  中心極限定理的簡單模擬示例 177
第9章使用R Commander插件包 181
9.1  獲取和加載插件 181
9.2  使用RcmdrPlugin.TeachingDemos包 183
9.3  使用RcmdrPlugin.survival包進行幸存分析* 185
附錄AR Commander菜單指南 195

R Commander是R的點選式圖形用戶界面，通過熟悉的菜單和對話框提供對R統計軟件的訪問，而不是通過輸入難懂的命令。本書解釋了如何使用R Commander，希望讓入門級和中級統計課程的學生和教師、想要使用R 而不必苦惱於編程的科研人員，以及最終要過渡到命令行交互但傾向於入門更容易的讀者感興趣，並對專業工作提供幫助。
在我看來，在基礎統計學課程中，中心目標應該是講解基本的統計學思想——分布、統計關繫、估值、樣本差異、觀測與實驗數據、不規則分布等。人們不希望把基礎統計課程變成學習如何為統計軟件編寫命令的練習。最初開發R Commander是出於這樣的想法：為R提供透明、直觀、點擊式的圖形用戶界面，使用熟悉的菜單和對話框進行操作，適應所有常用的操作繫統(如Windows、Mac OS X和Linux/UNIX)，並作為標準的R程序包(稱為Rcmdr包)分發和安裝。
盡管最初打算用於基礎統計課程，但本書各章中介紹的R Commander的當前功能已遠遠超出基本統計。當前版本的Rcmdr程序包包含近15 000行的R代碼，這其中不包括注釋、空行、文檔等。此外，R Commander就像R本身一樣，被設計成可通過插件包進行擴展。而且，標準的R程序包也可以增加或修改R Commander的菜單和對話框(具體內容請參見第9章)。
我在20世紀90年代後期乘R方興未艾的東風，將其納入我的教學(應用回歸分析和廣義線性模型的研究生社會統計學課程)中。2002年，我出版了一本關於使用R和S-PLUS進行應用回歸分析的書[20]。1
我也想用R來講解社會科學研究生和本科生的基礎統計學，但感覺R的命令行界面是一個障礙。我曾期望有人為R引入圖形用戶界面，但一直沒能實現。因此，在2002年左右，我決定自己承擔這個任務。經過一些前期的探索，最終決定使用Tcl/Tk GUI構建器，因為基本的R發行版自帶tcltk程序包，它提供了Tcl/Tk的R接口。這個選擇讓我能夠編寫一個R GUI(即R Commander)；它可以在R支持的所有操作繫統上運行，並且完全用R編碼，以最大限度地減少安裝其他不必要的軟件。
本書提供了有關R和R Commander的背景信息，解釋了如何在讀者的計算機上獲取和安裝R和R Commander。最後，將展示如何使用R Commander執行各種常見的統計任務。
關於參考文獻
讀者在閱讀本書時，會不時遇到參考文獻編號，格式是放在方括號的數字。讀者可掃描封底二維碼下載“參考資料”文件，然後根據編號查看資料信息。