《歐米茄代碼》以一則新聞報道開頭:伊朗不顧美國的警告,成功此進行了首次核試驗。但是,這次核爆炸卻有一個非同一般之處,其危險性比以往地球上的任何一次核爆炸都要大得多。監測儀器發現,在爆炸發生的那一瞬間同時出現了另一個現像,而這種現像自140億年前的創世大爆炸以來還從來沒有發生過。
與此同時,科學歷史學家大衛·斯威夫特和量子物理學家莫妮卡·雷諾茲突然獲悉,他們的兒子、患有自閉癥的邁克爾·古普塔被人綁架,綁架者屬於一個叫做“真正的信徒”的宗教狂熱軍事組織。邁克爾是阿爾伯特·愛因斯坦的後代,他不僅繼承了愛因斯坦傑出的智慧而且也是世界上知道愛因斯坦後的秘密“統一場論”的人。構成“統一場論”的一繫列方程式展示了大自然中所有力的本質,從而揭示出了創世紀的秘密,而一旦掌握這個創造世界方法的人也就掌握了毀滅世界的方法。伊朗的核試驗表明,已經有人掌握了這個秘密。大衛和莫妮卡也很快意識到,他們努力尋找邁克爾的行動已經成為一場拯救我們這個世界的行動,成為阻止“統一場論”釋放出其可怕力量的後一搏。
大衛和莫妮卡同聯邦調查局特工露西爾·帕克一道,從耶路撒冷的老城到土庫曼斯坦的沙漠,一邊尋找邁克爾一邊竭力阻止“真正的信徒”組織的瘋狂首惡的瘋狂計劃。在這個每一步都充滿死亡威脅的旅途中,他們親身體會到了與那些打著上帝的旗號甘願赴死的恐怖分子戰鬥是多麼艱難。