本書起自咸豐八年六月二十一日(1858年7月31日)，迄於光緒三十年五月十四日(1904年6月27日)，記敘了這一時期的許多重要史事和作者本人的思想、活動，內容相當豐富，被譽為晚清三大日記之一。據一些學者考證，翁同穌戊戌罷歸後，為避忌諱，曾對日記中有關戊戌變法和維新派的內容作過刪改。新版首先完善了日記的整體內容。已有的幾種本子僅限於“涵版”《翁文恭公日記》所載的內容，即起自咸豐八年六月二十一日，迄於光緒三十年五月十四日的部分，“陳版”雖將軍機處日記編入，但僅有1883-1884年的中法戰爭日記，尚缺1894-1895年的甲午海戰日記。此次重新出版的《日記》除將此兩種軍機處日記全部收入外，還有一部分由翁萬戈先生提供的翁同龢早期日記，包括己酉夏南歸赴試日記（道光二十九年五月十一日至六月初六日）和庚戌恭赴西陵日記（道光三十年九月十八日至二十七日），是翁同龢早年參加學政會考及隨父親翁心存護送道光皇帝梓宮入西陵時所記日記，保存了不少珍貴史料。此外，《日記》還增補了翁同龢的自訂年譜（原名松禪年譜）及其姪曾孫翁之憙所作的年譜補，後續還將編印出版日記人名索引，以便於查閱。其次，是關於挖改、刪隱之處的補充復原。翁同龢日記共經過兩次刪改。一次是翁同龢自戊戌罷歸後，為避忌諱，將日記中所載與維新活動有關的人物、事件等作了改動，其中有挖改之處，亦有將整頁剪下重新改寫之處，此類挖改在手稿中均有明顯痕跡，但木已成舟，無法復原。從文獻的角度出發，凡此類翁氏自行挖改之處均拍成照片作為插圖放入日記附錄《刪改真像》中。另一次即是商務印書館影印出版《翁文恭公日記》時所作的刪改，此次重新整理已將其一一復原。此外，日記手稿原件中有不少翁同龢的手繪圖，多為地形圖、星像圖等，出於保存文獻的考慮，此次整理對這類圖均作了保留。 另外，本書還編制有人名索引，故研究者按圖索驥。
