內戰使丹麥付出了很大代價，但是，國王得以在戰場上鏟除異己，挾勝利者之餘威，雷厲風行地推行宗教改革。1536年10月，克裡斯蒂安三世頒布詔令，逮捕了天主教主教，沒收了教會地產，任命信奉路德教的貴族和市民擔任主教，路德教成為丹麥的國教。與此同時，克裡斯蒂安三世對國家的行政管理體制進行重大改革，為新興階層提供了進入行政機構的機會，君主專制的色彩也日漸明顯。在宗教、內政改革的同時，克裡斯蒂安三世推行了比較靈活的外交政策，他聯合德國的新教諸侯反對神聖羅馬帝國皇帝查理五世。1542年，克裡斯蒂安三世正式向查理五世宣戰，進而關閉了德國航運從尼德蘭進入波羅的海的門戶松德海峽。沉重打擊了德國的對外貿易。克裡斯蒂安不愧是一位老練的政治家。1544年，他就開放奧勒賽得海峽問題與查理五世達成妥協，從而明智地避免了一場可能爆發的外國干涉。克裡斯蒂安三世的宗教改革取得了成功。 

      16世紀，波羅的海沿岸諸國社會經濟發展水平不一，在宗教信仰、語言、文化和習俗等方面都有差異，各國之間的利害衝突也不時爆發。古斯塔夫·瓦薩統治時期，對瑞典的鄰國抱有懷疑態度，開始創建了瑞典的陸軍和海軍。1534年，丹麥爆發了“伯爵戰爭”，古斯塔夫聯合丹麥國王克裡斯蒂安三世和普魯士公爵阿爾伯特，打敗了律伯克和漢薩同盟。為了擴大瑞典在波羅的海的貿易，奪取俄國的愛沙尼亞港口，1555～1557年，古斯塔夫與俄國作戰。查理九世時期，為了爭奪俄國王位，兩國之間戰事不斷。