秦始皇的大一統思想，表現在國家體制上是確立以郡縣制為核心的中央集權國家，在統治理念上確立皇帝至上理論為治國的指導思想。秦始皇兼並六國，統一天下之後，面對疆域遼闊、規模空前的大一統帝國，應該以何種國家體制來實施管理?又以什麼治國理論為指導思想?圍繞前一個問題，在朝廷上出現過爭議。一派認為，在燕、齊、楚等偏遠地區，封諸皇子為王，作為國家的屏藩。這一意見無疑是效仿周朝實行分封制。但廷尉李斯主張實行郡縣制。他認為，周朝以同姓子弟為王，分封建國。到後來，由於周天子與各國國君的血緣關繫越來越遠，各國之間相互攻擊如同仇敵，致使戰爭連綿不斷，國家不得安生。如今海內一統，皆為郡縣，天下安寧。封立諸侯，於國不利。秦國自商鞅變法以來．已經推行中央集權制，而秦始皇又是法家專制主義的信徒，於是他肯定了李斯的主張，決定實行郡縣制。郡縣制的推行在我國歷史上影響深遠。秦始皇本人把實行郡縣制視為維護統一、消彌戰亂的千古盛事，“皇帝並一海內，以為郡縣，天下和平”，成為他自認為“功蓋五帝”的主要依據。
秦朝作為一個中央集權的國家，不僅需要政權的統一，而且治國的指導思想也必須統一，這樣國家纔能安定。秦國宰相呂不韋組織一批思想家編寫《呂氏春秋》，目的是為統一後的統治者提供完備的指導思想。呂氏認為：
“軍必有將，所以一之也；國必有君，所以一之也；天下必有天子，所以一之也；天子必執一，所以摶之也。一則治，兩則亂。”韓非與呂氏的所見略同，也認為相互矛盾的思想不能同時作為治國的指導思想。韓非說：“冰炭不同器而久，寒暑不兼時而至，雜反之學不兩立而治。”呂氏和韓非的意見反映了久經戰亂的思想家追求安定統一的心態，也反映了當時的社會思潮經過百家爭鳴之後形成的向往統一的趨同性。但是這種“別黑白而定一尊”的的君權主義為秦始皇實行皇帝至上論提供了思想基礎。
在秦始皇之前有“皇”和“帝”的稱號．如“三皇”、“五帝”，戰國後期的秦昭王和齊緡王分別稱為“西帝”和“東帝”。《管子》中有“明一者皇，察道者帝”之說。秦始皇是中國歷史上個把皇和帝連在一起稱“
皇帝”的君王。這不是一個簡單的稱謂問題，而是帝王觀念的實現．它把帝王的尊貴推向了。
功蓋一切，這是皇帝至上理論的基礎。李斯上書稱頌秦始皇為千古一帝，“今陛下興義兵．誅殘賊，平定天下。海內為郡縣，法令由一統．自上古以來未曾有，五帝所不及。”瑯琊臺石刻稱頌說：“功蓋五帝，澤及牛馬，各安其宇。”這類稱頌雖言過其實，但它在政治思想上卻有極重要的意義。
既然秦始皇給天下帶來了無限的美好。那麼他就有權支配一切，擁有一切。
事實上．秦始皇正是這樣宣傳和這樣做的。根據秦始皇二十八年(前219)的秦瑯琊臺石刻的內容。秦始皇一再宣稱他是天下的主宰，“六合之內，皇帝之土”，“人跡所至，無不臣者”。也有大臣稱頌他的功績時講道：“他時秦地不過千裡，賴陛下神靈聖明，平定海內，放逐蠻夷，日月所照，莫不賓服。”這就是說由於秦始皇功高蓋世，天上地下所有的一切都屬皇帝所有，至高無上的權力就是占有、支配一切的主要根據。從此以後，皇帝就是國家，國家就是皇帝。
在先秦諸子那裡，除先王之外，在現實生活中．聖與君主是兩分的。到了秦始皇時情況發生了新的變化，皇帝與聖合二為一了，從此“聖”的桂冠就戴到了皇帝的頭上。皇帝既然是聖上，是聰明、明的人，自然他就可以為全國人民規定行為準則和道德規範、實行獨裁政治了。
秦始皇的皇帝至上觀念，還可以從他取消謚法上面表現出來。秦始皇認為：“死而以為謚，如此，則子議父，臣議君也。甚無謂，朕弗取焉。自今以後，除謚法。朕為始皇帝，後世以計數，二世三世至於萬世，傳之無窮。
”在秦始皇的觀念中．在皇帝生前臣下不能批評，死後也不能議論和評價得失。這樣，纔能進一步顯示出皇帝是何等的尊貴和神聖!
由於秦始皇為人“少恩而虎狼心，居約易出人下，得志亦輕食人”，這種性格與法家理論正好合拍。因此在政權完全統一，並且操於皇帝一人之手後，他實行的是“以法為教，以吏為師”，將天下思想統一於法家，並依然用酷刑和欺詐來治理國家。把對其他學派思想的不滿，表現為簡單粗暴的黜道、坑儒、焚書，“偶語《詩》、《書》者棄市，以古非今者族”，這種獨裁而殘暴的政治，加速了秦王朝的滅亡。
秦王朝雖然滅亡了，但秦始皇所確立的大一統思想和皇權至上觀念，卻成為中國封建統治的無價之寶，為後世歷代封建王朝所繼承。
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