第八代孫孔鮒，字子魚，或子甲，自小好學，博通經史。秦始皇統一中國後，孔鮒不仕，但在其弟子叔孫通成為秦朝博士後，還是被召為魯國文通君，官拜少傅。焚書坑儒之時，他毅然違犯焚書令，冒著“棄市”、
“滅族”的危險，收《論語》、《尚書》、《孝經》等古籍，秘密藏在孔子故宅牆壁中，而後自隱於嵩山，教授弟子。一直到孔鮒死，他也沒有拿出來這些書，其家人對他的藏書也一概不知。直到漢武帝時，魯恭王擴建宅第，拆除孔子故宅，孔鮒所藏的這一批書，纔被發現，得以重見天日。
自漢朝起，統治者認為孔氏族人都是聖人之後，為了表示尊敬，孔子的嫡繫子孫不斷地被封賞侯爵，如第九代孔騰被漢高祖劉邦封為奉祀君，專管祭祀孔子的事務；第十代孔忠被漢文帝封為褒成侯；第十三代孔帝賜爵關內侯，號褒成君；第十八代孔損被漢明帝封為褒亭侯：第十九代孔曜被漢安帝封為奉聖亭侯。
但是，孔氏族人也曾嫡長幾絕，出現危難。唐末，兵荒馬亂，朝政日衰，一向受朝廷恩賞的孔家，因遠離朝廷，也就斷了恩寵。孔子第四十二代嫡孫孔光嗣隻不過在當地做了一個泅水令，以此支撐著孔家門戶。在這一代及以前幾代，孔家曾多次出現單傳，他也隻有獨子，名孔仁玉。
孔仁玉很小的時候，孔府中發生了一次篡權奪位的“政變”。那時，孔府有個僕人名叫孔末，心懷不軌。一日夜裡，他殺害了孔光嗣，恰好那天孔仁玉被乳娘帶回了家，而幸免於難。孔末就此篡奪了孔家掌門人的權位。孔仁玉被乳母撫養長大，自小刻苦努力，飽讀詩書，為人嚴謹，臨事果斷，成人後入仕為官，常出入宮廷。借此機會，孔仁玉向後唐皇帝明宗奏明了事情的真相。朝廷獲悉後，殺掉了孔末，並恩準孔仁玉任曲阜主簿，後升為縣令。孔仁玉奪回了被他人篡奪的孔府爵位，在孔家歷史上起到了“中興”作用。因此，他也被後人尊為“中興之祖”。
至此之後，孔子後代社會地位一直很顯赫。宋仁宗至和二年(1055)，朝廷將孔氏嫡繫長孫的封號jE式更名為“衍聖公”，並自此固定下來，後代一直沿襲這個封號。
孔氏族人的輩分排行，歷來要求嚴格。孔氏嫡傳子孫，不論世居曲阜，還是遷居外地，命名都按照統一的字序排行，不會發生混亂的情況。
現在孔氏族人取名所用的行輩是從明代開始確定下來的。明璋賜孔氏八個輩字：公、彥、承、弘、聞、貞、尚、胤，供孔氏族人起名用。崇禎年間，這些字已不夠用，由六十五代衍聖公孔衍植向皇帝奏求，又後續了十字，即：“興毓傳繼廣，昭憲慶繁祥”。清代乾隆九年(1744)
，由禮部調查整理，報皇帝欽定，又添了十個字：“令德維垂佑，欽紹念顯揚”；民國八年(1919)由七十六代衍聖公孔令貽又立二十個字咨請當時的北洋政府核準公布，乃是從第八十六代至一百零五代，要用“建道敦安定，懋修肇彝常，裕文煥景瑞，永錫世緒昌”相互連續。現在的孔氏族人還在嚴格遵守著這個規定。
由於孔氏譜繫的完善，孔氏族人也會遇到了一些不方便之處。按孔氏家規的規定，同姓同宗的晚輩見到長輩一定要按照輩分來稱呼，這就難免會出現年齡相仿者，但輩分卻相差數輩甚至十數輩的情況。衍聖公也極可能比多數同宗人輩分低很多。衍聖公府內很少雇傭孔姓人為傭人，就是為了避免這種主僕關繫和輩分關繫發生尷尬。即使是在現在，這種情況依舊存在，據目前已登記的資料證實，孔子後裔已繁衍至第八十三代，輩分小的是一位“念”字輩的15歲女孩，但是現居臺灣的孔子第八十代孫孔佑仁年僅3歲。P018-019