全書共三編,上編集中討論晚明佛教與其時宮廷政治的關繫,通過聚焦慈聖李太後奉佛及禮事高僧、崇禎帝在本土釋道與外來天主教之間的選擇、憨山德清乙未之獄、紫柏真可“妖書案”等事件,在重新釐清各自原委、經過,並試圖揭示更為隱秘的動機的同時,抉發隱伏在信仰生活背後與晚明黨爭密切相關的諸多政治、宗教勢力較量的暗脈。中編圍繞“方冊藏”的刊刻事業,展示高僧與奉佛士大夫之間的互動,尤以密藏道開與馮夢禎兩位重要助力者為例,呈現僧界與精英士大夫錯綜復雜的關繫,究明世俗社會中政治、經濟等多重因素在刻經事業中的作用,以及此一事件對後世造成的長遠影響。下編則是探討晚明佛教的多種成色及其表現:如士大夫居士身上體現的本土宗教對佛教信仰的影響,文學藝術與佛教的聯繫,藏傳佛教對漢地的影響及其本土化吸收等,仍是以不同的個案,展示這個時代信仰生特征。