中醫文獻的研究在中醫的傳承和發展中起著不可估量的作用，作者王琦教授十分注重古籍文獻的研究工作，這為他的教學、臨床和科研工作奠定了堅實的基礎。《中醫醫史文獻研究(王琦醫書十八種)》為《王琦醫書十八種》之十，收錄了王教授近五十年來在醫史文獻方面的工作成果，主要包括文獻整理、古籍校注、醫史研究和疾病史略。
文獻整理方面，包括《黃帝內經》和《傷寒論》的研究，葉天士相關驗案探討，本草文獻和方劑文獻的評述解讀，相關史料文獻研究，還編寫了《中醫古籍難解字彙》；古籍校注部分的工作則集中於《素問今釋》，選錄了其中四篇校注；醫史研究方面，則分為醫林人物、中外醫藥交流史、當代醫史研究三個方面；疾病史略分為病癥史研究和專科史研究兩部分；此外，附錄收載了一些醫序、述評、隨筆、讀後感等與醫史文獻相關的文章。

第一章文獻整理
第一節《內經》文獻的整理研究
一、學習《內經》的思路和方法
二、整理《內經》需注意的問題
三、《內經》專業文獻研究範例
第二節《傷寒論》文獻的整理研究
一、《傷寒論》定型以前的古傳本
二、《傷寒論》文字的定型及其版本繫統
三、今本《傷寒論》內容的真實性和完整性
四、《傷寒論》專著的目錄學研究
五、“雜”、“卒”考證
第三節葉天士臨床文獻研究
一、葉氏《臨證指南醫案》體質醫案分析
二、從《臨證指南醫案》探討葉天士治療胃脕痛的經驗
第四節歷代本草文獻的研究
一、歷代本草文獻的綜合研究
二、有關《本草綱目》的研究
第五節歷代方劑文獻的研究
歷代方劑文獻的綜合研究
第六節史料文獻研究
一、秦代在中醫學中的重要作用
二、古代的醫療體操——五禽戲
三、《千金方》的理論與實踐
四、《本草綱目》中的科學精神
第七節中醫古籍難解字彙
第二章古籍校注
第一節靈蘭秘典論
第二節六節藏像論
第三節離合真邪論
第四節通評虛實論
第三章醫史研究
第一節醫林人物研究
一、張仲景生平與學術成就
二、唐代**醫家孫思邈
三、瀋括對中醫藥學發展的貢獻
四、李時珍的實踐與成就
五、清代名醫趙海仙生平與實踐
六、姜春華教授之岐黃生涯
七、朱月橋治療麻疹的經驗
第二節中外醫藥交流史
一、論中外醫學交流
二、中日醫學和友誼的傳播者——鋻真
三、東傳日本的兩種《傷寒論》古傳本簡介
四、中日對體質問題的研究比較
第三節當代醫史研究
一、中醫藥科技成就概述
二、21世紀——中醫藥的世紀
三、《中醫現代研究叢書》的編纂特點與學術影響
第四章疾病史略
第一節病癥史研究
一、“痰”道源流論
二、“濕”義源流考釋
三、藏像史料概要
第二節專科史研究
一、中醫男科學發展概略
二、肥胖人痰濕型體質的文獻史料研究
三、《內經》的男科文獻史料研究
附錄一 《誠書》點校序文
附錄二序言、書評選錄
Ⅰ《傷寒論研究》前言
Ⅱ《經方應用》前言
Ⅲ《黃帝內經專題研究》緒言
Ⅳ《運氣學說的研究與考察》前言
Ⅴ《中國古代房室養生集要》序
Ⅵ拯危救急話經方——《經方實驗錄》讀後感
Ⅶ大總結大境界大升華——評《黃帝內經研究大成》的學術成就
Ⅷ道經千載*光輝——為紀念第四個世界傳統醫學日而作
Ⅸ評《中華本草》
Ⅹ評《中醫方劑大辭典》
附錄三書影、題詞、手稿
Ⅰ《中醫現代研究叢書》書影
Ⅱ國務院原副**谷牧為《中醫現代研究叢書》題詞
Ⅲ董建華院士為《中醫現代研究叢書》題詞
Ⅳ全國政協原副**王任重為《中醫現代研究叢書》題詞
Ⅴ高輝遠教授為《中醫現代研究叢書》題詞
Ⅵ《中醫現代研究叢書》編寫計劃
Ⅶ“從《臨證指南醫案》探討葉天士治療胃脕痛的經驗”手稿
Ⅷ《醫聖張仲景》書影、手稿
Ⅸ“大總結大境界大升華”手稿