官文江主編的《R語言在海洋漁業中的應用》第1
章至第5章簡要介紹了R的基本使用方法，以使讀者能
掌握R的基本語法與用法，特別是R獲取幫助、讀取與
漁業有關的各種數據及利用R進行必要的圖形繪制的
方法。由於海洋漁業研究經常需要使用海洋遙感數據
、海洋模型同化數據或浮標數據，這些數據通常使用
nc或hdf格式存儲，因此，本書除了介紹TXT與EXCEL
文件讀取方法外，同時也比較詳細地介紹了nc、hdf
文件的讀取方法。除一般圖形繪制外，本書也比較詳
細地介紹了地圖、矢量與柵格數據疊加等圖形繪制方
法，以更好地滿足漁業數據分析的需要。由於R涉及
的內容廣泛，如圖形繪制，除基本繪圖軟件包外，
lattice、ggplot等軟件包提供了更豐富的圖形繪制
方法，因此，如需繪制更美觀、更復雜的圖形或圖像
，讀者仍需要參考其他有關R的參考書，但更為重要
的是讀者需要掌握R獲取在線幫助的方法，這是學習
、掌握R的重要途徑。
本書第6章至第12章為R在海洋漁業中的應用，這
些章節主要介紹了海洋漁業研究中的模型如親體補充
量模型、生長模型、生物量動態模型等基本概念，介
紹了這些模型參數估計、假設檢驗、不確定性分析的
基本方法。本書強調模型誤差結構選擇的重要性，模
型選擇、參數估計的不確定性，並充分展示了計算機
模擬方法在漁業資源研究中的應用價值。貝葉斯模型
在漁業資源的研究中扮演著重要角色，本書也較詳細
地展示了貝葉斯模型的使用方法。每一章節的例子均
提供了數據、R代碼及相關說明，讀者應仔細閱讀這
些例子的代碼，並在R中執行，這有利於讀者掌握相
關方法。對這些代碼略做修改，讀者可以直接將其應
用於相關的研究中。

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第1章 R語言基礎
1.1 R語言簡介
1.1.1 R語言的開發歷史
1.1.2 R語言的特色與功能
1.2 R語言的安裝
1.2.1 R軟件的安裝
1.2.2 R軟件包的安裝
1.3 R軟件包的使用與引用
1.3.1 軟件包的載入、卸載與刪除
1.3.2 R或相關軟件包的引用
1.4 R使用簡介
1.4.1 R的界面設置
1.4.2 R會話
1.4.3 當前工作目錄
1.4.4 R命令
1.4.5 命名字符集
1.4.6 命令行的重復輸入
1.4.7 R命令行的注釋
1.4.8 保存先前命令產生的結果及變量的保存
1.4.9 獲取幫助
1.4.10 R中對像的查找
1.4.11 獲取和設定環境變量
1.5 R代碼的編輯
1.6 R運行環境的定制
1.6.1 通過文件定制R環境
1.6.2 通過定義.First()函數與.Last()函數定制R環境
1.6.3 通過自定義普通函數執行初始化
第2章 R的數據
2.1 R的數據類型
2.1.1 數值型(numeric)
2.1.2 字符型(character)
2.1.3 復數型(complex)
2.1.4 邏輯型(logical)
2.2 R中的數據組織方式
2.2.1 向量
2.2.2 純量
2.2.3 數組
2.2.4 數據框
2.2.5 列表
2.2.6 時間繫列數據
2.2.7 因子
2.3 數據類型的判斷與強制轉換
2.3.1 數據類型的判斷
2.3.2 數據類型的強制轉換
2.4 數據的運算
2.4.1 數學運算
2.4.2 比較運算與邏輯運算
2.4.3 數據的操作函數
2.5 R中的對像
2.6 數據的輸入與輸出
2.6.1 數據的輸入
2.6.2 其他格式文件的輸入
2.6.3 數據的輸出
2.6.4 R中的數據集
2.6.5 其他統計軟件數據的讀取
2.7 數據的編輯
2.7.1 數據編輯方法
2.7.2 數據的融合
第3章 R的圖形繪制
3.1 圖形設備
3.1.1 顯示器圖形設備
3.1.2 文件設備
3.1.3 打印機設備
3.2 繪圖區域與坐標繫統
3.2.1 設備區域
3.2.2 圖形區域設置
3.2.3 坐標繫統
3.3 **繪圖函數
3.3.1 簡單的圖形繪制
3.3.2 顏色繪制
3.3.3 文本字符
3.3.4 坐標軸
3.3.5 線
3.3.6 符號
3.4 其他**繪圖函數
3.4.1 直方圖
3.4.2 柱狀圖
3.4.3 箱線圖
3.4.4 餅圖
3.4.5 QQ繪制
3.4.6 條件繪制
3.4.7 散點陣列圖
3.4.8 地圖繪制
3.4.9 位圖數據的顯示
3.5 低級繪圖函數
3.5.1 添加圖元
3.5.2 圖形工具函數
3.5.3 圖形邊緣標注與圖例繪制
3.5.4 軸繪制
3.6 圖形疊加繪制
3.7 交互式圖形函數
第4章 概率分布
4.1 單變量連續分布
4.1.1 單變量正態分布
4.1.2 對數正態分布
4.1.3 Gaamma類分布函數
4.1.4 Beta類分布
4.2 單變量離散分布
4.2.1 二項分布
4.2.2 泊松分布
4.2.3 負二項分布
4.3 經驗分布及隨機采樣
4.3.1 經驗分布
4.3.2 基於樣本的隨機數
4.3.3 一個隨機測試的例子
第5章 程序控制結構與函數
5.1 表達式
5.1.1 簡單表達式
5.1.2 復合表達式
5.2 R的控制結構
5.2.1 分支結構
5.2.2 循環結構
5.3 函數
5.3.1 函數的定義
5.3.2 函數的參數
5.3.3 作用域
5.3.4 返回函數的函數
5.3.5 函數的編輯
5.3.6 程序調試
第6章 漁業模型及參數估計
6.1 漁業模型
6.1.1 模型的概念
6.1.2 漁業模型及假設
6.1.3 參數估計與模型選擇的不確定性
6.2 模型參數的估計方法
6.2.1 *小二乘法估計
6.2.2 *大似然估計
6.2.3 貝葉斯參數估計
第7章 計算機模擬計算方法
7.1 隨機檢驗
7.2 Jackknife方法
7.3 Bootstrap方法
7.3.1 一般Bootstrap方法
7.3.2 平衡Bootstrap方法
7.4 蒙特卡洛模擬
第8章 魚類的生長
8.1 魚類生長的數學模型
8.1.1 體長與體重關繫模型
8.1.2 年齡與體長、體重的關繫
8.2 參數估計
8.2.1 年齡與體長數據下的參數估計
8.2.2 對於標志放流類數據
8.2.3 其他生長方程的擬合
8.3 生長方程模型的選擇與比較
8.3.1 生長方程模型的選擇
8.3.2 生長方程模型的比較
第9章 親體與補充量關繫模型
9.1 繁殖模型
9.1.1 B-H模型
9.1.2 Ricker模型
9.1.3 Deriso-Schnute模型
9.1.4 環境因素在繁殖模型中的作用
9.1.5 繁殖模型的誤差結構
9.2 參數估計
9.2.1 產卵生物量沒有測量誤差時的參數估計
9.2.2 產卵生物量存在測量誤差時的參數估計
9.2.3 存在自相關性
9.2.4 基於貝葉斯的參數估計
**0章 世代動態模型
10.1 魚類的死亡與世代數量的變化
10.2 單位補充量漁獲尾數與產量
10.3 單位補充量產量模型的應用
10.3.1 計算不同F及開捕年齡下的單位補充量產量
10.3.2 等漁獲量曲線圖
10.3.3 F0.1與Fmax
**1章 單位捕撈努力量漁獲量
11.1 基本概念
11.1.1 捕撈努力量
11.1.2 單位捕撈努力量漁獲量(CPUE)
11.1.3 CPUE與資源量的關繫
11.1.4 CPUE與子區域CPUE的關繫
11.1.5 CPUE的標準化
11.2 CPUE標準化模型與模型選擇
11.2.1 CPUE標準化模型
11.2.2 模型的選擇
11.3 CPUE標準化中需注意的問題與展望
11.3.1 捕撈量為零數據的處理
11.3.2 交互效應的處理
11.3.3 捕撈努力量的空間分布對CPUE標準化的影響
11.3.4 數據尺度對CPUE標準化的影響
11.3.5 多魚種漁業的cPuE標準化
11.3.6 未來展望
11.4 CPUE標準化的例子
11.4.1 GLM模型對CPUE的標準化
11.4.2 貝葉斯方法對CPUE的標準化
11.4.3 GAM對CPUE進行標準化
11.4.4 一般線性混合模型對CPUE的標準化
11.4.5 廣義估計方程對CPUE的標準化
**2章 生物量動態模型
12.1 漁業資源評估模型的基本結構
12.2 生物量動態模型的種群動態
12.2.1 種群生物量動態模型
12.2.2 Schaefer生物量動態模型
12.3 生物量動態模型的參數估計
12.3.1 回歸方法
12.3.2 時間繫列方法
12.3.3 Bootstrap方法估計參數的置信區間
12.3.4 貝葉斯方法
12.4 投影與風險分析
12.5 r的先驗設置
參考文獻

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