作者1980年代的《禪宗與中國文化》以及世紀之交的《中國思想史》都曾影響學林。本書收錄的“都是與書有關的文章”，因此取名為“穿行書林斷簡”。作者葛兆光從與書冊“彼此糾纏或者相依為命”的經歷中總結出閱讀的三種境界或稱方法，即“旅遊、圍獵和偵探”。而作者的閱讀無疑是偵探式的，文章由一部書展開，或探討相關研究領域的現狀與不足，或闡發自己對史學觀念與方法的認識，乃至包含作者個人經歷與志趣的感慨和對時代變遷與社會生活的關注。

卷首弁言
楔子·穿行書林斷簡
第Ⅰ輯
歷史的意味——讀兩種歷史教科書和入門書的隨想
域外中國學資源的中斷與接續——讀馬伯樂論著中譯本
見微與知著——評《日本學者研究中國史論著選譯》(第七卷)
彼此環繞和交錯的歷史——評夫馬進主編《中國東アジア外交交流史の研究》
我們能夠擁有多少知識？——讀《中國學術名著提要》
重繪近代思想、社會與學術地圖——評羅志田《權勢轉移：近代中國的思想、社會與學術》
第Ⅱ輯
重讀潘光旦先生——寫在《潘光旦文集》出版之際
不是旅行季節的旅行——讀羅常培《蒼洱之間·蜀道難》
學問的意義畢竟久遠——讀《周一良集》
古今知識世界的分類及其衝突——讀朱越利編《道藏分類解題》
宋代民間信仰的歷史學研究思路——讀皮慶生《宋代民間神祠研究》
用圖像呈現文明史——讀《圖說中國的文明》
當時髦入了詞典一讀陸谷孫主編《英漢大辭典補編》
在道教與文學之間——讀《想像力的世界——二十世紀道教與中國古代文學論叢》
非典圍城中讀疾病史論著
第Ⅲ輯
重提古典文獻的意義——《古詩文要籍敘錄》修訂版前言
我注唐詩——《唐詩選注》新版序
來自“中國”的思想史——《中國思想史》韓文本序
什麼夠資格稱“中國經典”？——《中國經典十種》修訂版序
代後記·關於書評的寫作