鄧孔昭編著的《鄭成功與明鄭在臺灣（修訂版臺灣研究新跨越）》主要內容包括鄭成功研究、鄭氏時期臺灣社會經濟史研究、鄭氏集團與清政府鬥爭史研究、鄭芝龍研究等幾個部分，對2012年紀念鄭成功收復臺灣350周年、歌頌中華民族抵抗侵略、維護統一的精神有著重要意義。

第一章 鄭成功在閩西北地區的抗清與“延平王”爵號的由來
一、在閩西北地區的抗清活動
二、“延平王”爵號的由來
第二章 鄭成功對鄭芝龍的批判與繼承
一、政治上的批判
二、事業方面的繼承
三、批判或繼承原因的分析
第三章 鄭成功收復臺灣的戰略運籌
一、**外鬥爭形勢發展的需要
二、戰前的準備工作
三、采取的各項戰略措施
四、運用各項戰略措施的成效
第四章 鄭成功收復臺灣期間的糧食供應
一、復臺大軍遇到的糧食供應的困境
二、解決糧食供應問題的各項措施
第五章 從盧若騰詩文看有關鄭成功史事
一、《丙申三月初六日大風覆虜》為當年清軍攻打廈門遭風敗績的時間提供了新證
二、《南洋賊》記述了鄭成功與粵海許龍之間的矛盾
三、《石尤風》解答了1661年七八月間金、廈運糧船為什麼沒有及時接濟臺灣的問題
第六章 鄭成功文化刍論
一、什麼是“鄭成功文化”
二、鄭成功文化的主要內涵
第七章 鄭成功如何帶兵打仗
一、水師是鄭氏軍隊克敵制勝的利器
二、圍城而不攻城
三、賞罰分明
四、教育將士胸懷大目標，維護人民群眾的利益
五、常用的戰術和器具
第八章 鄭成功與金門的關繫
一、金門是鄭成功抗清和收復臺灣的基地
二、部將中的金門人
三、“鄭成功破壞金門生態環境”說質疑
附錄 鄭成功對金門社會風尚由“崇文”到“尚武”變化的影響
第九章 鄭氏時期臺灣社會經濟的若干問題
一、軍事體制下的社會結構
二、移民和土著居民的關繫
三、土地開發與生產發展狀況
四、土地所有制
五、1680年以後的社會危機
附錄 鄭氏文武官田租稅考
第十章 明鄭時期臺灣海峽兩岸的海上交通問題
一、1661-1683年間臺灣海峽兩岸海上交通的狀況
二、制約當時海上交通的因素
三、鄭清雙方為解決當時海上交通問題所做的努力
第十一章 從“東都”、“承天府”到“東寧”——不同政治背景下的建置和地名改易
一、鄭成功在臺灣設立“東都”和“承天府”的用意
二、鄭經改東都為東寧的原因
三、改東都為東寧的同時承天府已撤廢
四、東都、承天府地名的不同含義
第十二章 天興萬年二縣（州）轄境的再探討
一、清初改天興為諸羅縣、分萬年為臺灣和風山二縣的說法錯誤
二、清初改萬年為鳳山縣、分天興為臺灣和諸羅二縣的說法也不正確
三、天興、萬年的分界線應是土墼埕以北的小水道及其延長線
第十三章 清政府對鄭氏集團的招降政策及其影響
一、清政府對鄭氏集團采取的招降政策
二、清政府對鄭氏集團采取招降政策的主要原因
三、招降政策對鄭氏集團不同時期的影響
第十四章 清政府與臺灣鄭氏集團的談判和“援朝鮮例”問題
一、清、鄭雙方進行的各次談判活動
二、不同背景下雙方所提條件的變化
三、如何看待鄭氏集團所提出的“援朝鮮例”問題
附錄 泉州文廟在清政府與臺灣鄭氏政權談判中曾起到的特殊作用
第十五章 清政府與荷蘭人對鄭氏的聯合進攻
一、清、荷聯合對付鄭氏的三個階段
二、如何評價清、荷聯合攻打鄭氏
第十六章 姚啟聖在統一臺灣過程中的作用
一、政治上爭取民心、分化瓦解鄭氏的隊伍
二、軍事上扭轉了清軍在福建戰場的不利局面、提高了清軍的戰鬥力
三、軍需後勤方面為清軍進取臺灣準備了必要的物質基礎
四、致力善後工作、*早提出了將臺灣保留在版圖中的主張
五、應當怎樣評價姚啟聖
附錄一 從一首八閩童謠談姚啟聖為政清廉
附錄二 姚啟聖著述小考
第十七章 李光地、施瑯、姚啟聖與清初統一臺灣
一、姚啟聖、李光地共薦施瑯
二、李光地幫助施瑯取得專征權
三、姚啟聖、施瑯和李光地在臺灣棄留問題上的不同意見
四、李光地與姚啟聖、施瑯的交往以及對二人的不同評價
第十八章 施瑯其人二三事
一、“爭專征權”強烈排斥他人
二、“南風”“北風”之爭醉翁之意不在酒
三、對姚啟聖有些忘恩負義和不擇手段
四、對臺灣棄留問題的態度前後判若兩人
五、侵占臺灣民眾的田產、逃漏政府的田賦
第十九章 明鄭一些重要人物的生平
一、鄭芝龍
二、鄭經
三、鄭克壤
四、何斌
五、陳永華
六、劉國軒
七、馮錫範
第二十章 一些史籍和教科書中有關明鄭記載的錯誤
一、連橫《臺灣通史》“建國紀”辨誤
二、史明《臺灣人四百年史》有關鄭氏一章的史實錯誤
三、臺灣中學教科書《認識臺灣》（歷史篇）有關章節中的史實錯誤
附錄一 子虛烏有的“延平王國”——《認識臺灣》（歷史篇）對鄭氏政權的杜撰
附錄二 為什麼說鄭成功是“收復臺灣”
附錄三 請不要隨意對鄭成功進行“顛覆”