《清代西藏史研究》是作者趙雲田研究清代西藏史的結晶。它在內容上分為如下幾部分：一是清代西藏的管理機構；二是清代的藏傳佛教政策；三是清代西藏的封爵；四是清末西藏新政；五是關於清代西藏的民族政策、金瓶掣簽制度、一些重要的典籍和建築等；六是清代西藏史研究的歷史回顧；附錄部分，以清實錄及有關史料為線索，彙集了清代治理西藏的主要措施及相關事件。

《清代西藏史研究》從政治、宗教、社會、改革 等多方面探討了清代西藏的歷史，以作者趙雲田獨有 的視角，揭示了西藏是中國神聖領土不可分割的一部 分，在學術上具有創新價值，在政治上亦有現實意義 ，對百年來的清代西藏史研究進行了全方位的梳理， 尤其給人以借鋻和啟發。

第一章　清代西藏的管理機構
第一節　理藩院對西藏的治理
第二節　駐藏大臣的設立
第三節　清代西藏管理機構的歷史作用
第二章　清代的藏傳佛教政策
第一節　清朝對藏傳佛教政策的形成與演變
第二節　清代的四大活佛
第三節　章嘉活佛和清朝的藏傳佛教政策
第四節　哲布尊丹巴和清朝的藏傳佛教政策
第五節　四大活佛封號考述
第三章　清代西藏的封爵
第一節　有關典籍中關於西藏封爵情況的記述
第二節　《清史稿》等關於西藏封爵記述的缺誤
第三節　《清史稿》等未載的西藏封爵
第四章　清末西藏新政
第一節　清末川邊新政
第二節　清末西藏新政
第三節　清末西藏新政研究資料概述
第四節　1978年以來的清末西藏新政研究
第五章　清代西藏史拾零
第一節　清代“因俗而治”的民族政策
第二節　清代的金瓶掣簽制度
第三節　清代拉薩和北京的雙忠祠
第四節　諦（第）巴奏章
第五節　馬吉符及其《藏牘劫餘》
第六節　關於乾隆朝內府抄本《理藩院則例》
第七節　《清代治藏軍事研究》
第六章　清代西藏史研究的歷史回顧
第一節　百年來的清代西藏史研究
第二節　20世紀通史中的清史研究
第三節　海峽兩岸蒙古學藏學學者的**交流
第四節　清末中央對蒙藏施政研究
附錄　清代治藏大事記
後記