本書輯錄著名歷史學者秦暉關於明清交替之際的一組研究文章，以縱向的時間軸論，集中於明末清初；以橫向的領域而言，主要從“農民戰爭與土地制度史”的角度出發，考察幾支政治力量的戰時策略以及它們之間的角逐。

全書分為四輯。

第一輯“從‘聯明抗清’到‘南明史’”，從細致入微的考證與邏輯嚴謹的思辨入手，分析了南明、農民軍、清廷三家政權之間的鼎立態勢、糾纏關繫，及此消彼長的形勢變化，也分析了包括縉紳階層在內的各種社會力量之間的互動。

第二輯“西南‘國主’政權”，主要著眼於順治四年占領雲南的大西農民軍的活動與制度，分析其經濟與政治實踐的特點與局限。

第三輯“李自成及其餘部”，駁斥了李自成禪隱石門夾山的傳說，辨析了李自成餘部所謂“後明韓主”及“定武政權”的子虛烏有。同時以精彩的考證分析，指出被誤認為李自成的“奉天玉和尚”很有可能是明清之際川東的一個軍閥——李占春。

第四輯探討了李自成的歸宿，追溯了一個被虛構的李自成謀士如何從小說進入史料的過程，評價了崇禎帝的作為，分析了明代中葉的“倭寇”問題。