從1840年6月第一次鴉片戰爭到1949年10月中華人民共和國成立，近代百餘年是中國社會政治、思想、文化、科技發生巨大變革的時代。具有悠久歷史和燦爛文化的中國社會，面臨數千年未遇之變局。國家的內憂外患以及思想文化領域的各種論爭，諸如學校與科舉之爭、新學與舊學之爭、西學與中學之爭、立憲與革命之爭、傳統文化與新文化之爭等，成為近代中醫學生存發展的大背景。在這樣濃墨重彩的大背景下，作為中國科技文化重要組成部分的中醫學，發生了影響深遠的重大變革，研究方法的出新與理論體繫的嬗變，使近代中醫學呈現出與傳統中醫學不同的面貌。“近代”在當代中國歷史的語境下通常是指從1840-1919年“五四”新文化運動這一歷史階段，但為了較為完整地呈現中醫學術的近代嬗變，本文的相關表述下延至1949年。
西學東漸與存亡續絕
——代中醫面臨的社會文化科技環境
19世紀中葉後，西學東漸日趨迅速。尤其是甲午戰爭、庚子事變等一繫列事件之後，有識之士在悲憤之餘，開始反思傳統與西學的孰優孰劣。從一開始引進軍工科技等實用技術，到後來逐步借鋻和采納西方的政治、經濟體制，西學慢慢滲入中國的傳統政治、經濟、文化體繫核心。兩種文明與文化的衝突與融合因之愈顯突出，成為近代中國社會發展無可回避的問題。
西醫學早在明末清初便由西方傳教士傳入中國，但影響不大，少數接觸到這些早期西醫學著作的傳統醫家也多持抗拒態度。鴉片戰爭後，西醫學之傳入除固有之目的與途徑外，也常因強健國人體質以抵御外辱之需要而被政府廣泛提倡。簡言之，西醫學在中國的傳播，經歷了從猜疑到肯定，從被動抗拒到主動吸收的過程。而隨著國人對西醫學的了解，中西醫比較逐漸成為熱門話題。
另一點不容忽視的是，西方近代科學哲學思想對中國人思維方式的影響。機械唯物論的嚴密推理，實驗科學的雄辯事實，細胞、器官、血液循環等生理病理的嶄新概念，伴隨著西方科學的時代潮流日益深入人心，並在中國學術界逐漸占據了主導地位。中國醫學領域內中西兩種醫學並存的格局，成為世界醫學史上極為獨特的一幕。
代中醫的歷史命運一直與中西醫踫撞緊密連接在一起，對中醫學術的走向產生了難以估量的影響。受當時洋務派和“改良主義”思想的影響，中醫產生了“中西彙通派”。中西彙通派的工作在於力圖用西說印證中醫，證明中西醫學原理相通；同時深入研究比較中西醫學的理論形態、診治方式、研究方法上的異同，通其可通，存其互異；在臨床治療上主張采用中藥為主加少量西藥的方式。代表人物有朱沛文、惲鐵樵、張錫純、等。中西彙通派的研究目的，主要在於緩和兩種醫學體繫的衝突，站穩中醫的腳跟，雖然成效不大，但啟兩種醫學交流之端，功不可沒。