●第一章《食品安全國家標準食品微生物學檢驗總則》（GB 4789.1—2016）
●第二章《食品安全國家標準食品微生物學檢驗菌落總數測定》（GB 4789.2—2016）
●第三章《食品安全國家標準食品微生物學檢驗大腸菌群計數》（GB 4789.3—2016）
●第四章《食品安全國家標準食品微生物學檢驗沙門氏菌檢驗》（GB 4789.4—2016）
●第五章《食品安全國家標準食品微生物學檢驗志賀氏菌檢驗》（GB 4789.5—2012）
●第六章《食品安全國家標準食品微生物學檢驗致瀉大腸埃希氏菌檢驗》（GB 4789.6—2016）
●第七章《食品安全國家標準食品微生物學檢驗副溶血性弧菌檢驗》（GB 4789.7—2013）
●第八章《食品安全國家標準食品微生物學檢驗小腸結腸炎耶爾森氏菌檢驗》（GB 4789.8—2016）
●第九章《食品安全國家標準食品微生物學檢驗空腸彎曲菌檢驗》（GB 4789.9—2014）
●第十章《食品安全國家標準食品微生物學檢驗金黃色葡萄球菌檢驗》（GB 4789.10—2016）
●第十章《食品安全國家標準食品微生物學檢驗B型溶血性鏈球菌檢驗》（GB 4789.11—2014）
●第十二章《食品安全國家標準食品微生物學檢驗肉毒梭菌及肉毒毒素檢驗》（GB 4789.12—2016）
●第十三章《食品安全國家標準食品微生物學檢驗產氣莢膜梭菌檢驗》（GB 4789.13—2012）
●第十四章《食品安全國家標準食品微生物學檢驗蠟樣芽胞杆菌檢驗》（GB 4789.14—2014）
●第十五章《食品安全國家標準食品微生物學檢驗霉菌和酵母計數》（GB 4789.15—2016）
●第十六章《食品安全國家標準食品微生物學檢驗商業無菌檢驗》（GB 4789.26—2013）
●第十七章《食品安全國家標準食品微生物學檢驗培養基和試劑的質量要求》（GB 4789.28—2013）
●第十八章《食品安全國家標準食品微生物學檢驗單核細胞增生李斯特氏菌檢驗》（GB 4789.30—2016）
●第十九章《食品安全國家標準食品微生物學檢驗雙歧杆菌檢驗》（GB 4789.34—2016）
●第二十章《食品安全國家標準食品微生物學檢驗乳酸菌檢驗》（GB 4789.35—2016）
●部分目錄

《微生物檢驗方法食品安全國家標準實操指南》涉及儀器耗材、檢驗步驟、結果判讀、操作要點與注意事項等內容，並附有標準涉及的微生物典型菌落圖片。同時，《微生物檢驗方法食品安全國家標準實操指南》還特別針對檢驗過程中可能遇到的問題進行疑難解析，以幫助食品微生物檢驗人員準確理解標準、規範實際操作，提升食品微生物檢驗水平。