●1 SHELXL
1.1 SHELX程序包
1.1.1 SHELXTL和其他程序
1.2 SHELXL
1.2.1 程序組成
1.2.2 指令文件name.ins
1.2.3 衍射數據文件name.hkl
1.2.4 SHELXL中的數據合並
1.2.5 連通性表
2 晶體結構精修
2.1 最小二乘精修
2.1.1 精修應基於F還是F2——這會成為問題嗎？
2.2 弱數據點和高分辨率截斷
2.3 殘差因子
2.4 參數
2.5 約束
2.5.1 位置占有率因子
2.5.2 特殊位置約束
2.5.3 剛性基團約束
2.5.4 浮動原點約束
2.5.5 氫原子
2.5.6 SHELXL中的約束用法
2.6
2.6.1 幾何
2.6.2 位移參數的
2.6.3 其他
2.7 SHELXL中的自由變量
2.8 結果
2.8.1 鍵長和鍵角
2.8.2 扭轉角
2.8.3 共面原子
2.8.4 氫鍵
2.8.5 RTAB指令
2.8.6 MORE指令
2.8.7 cif文件
2.9 精修問題
3 氫原子
3.1 氫原子的X-H鍵長和Ueq數值
3.2 與不同類型原子成鍵的氫
3.2.1 與碳原子成鍵的氫
3.2.2 與氮或氧成鍵的氫
3.2.3 與金屬成鍵的氫
3.3 在SHELXL中定位氫原子
3.3.1 HFIX指令中最常用的m和n取值列表
3.3.2 酸性氫原子的準自由精修
3.4 XHELXL中的氫鍵信息
3.5 示例
3.5.1 常規氫原子定位操作：C31H54MoN2O2
3.5.2 Zr基氫化物中的氫原子
3.5.3 酸性氫原子和氫鍵
4 原子類型的指定
4.1 電子皆“藍色
4.2 化學知識
4.3 晶體學知識
4.4 示例
4.4.1 四聯InCl3——N還是O？
4.4.2 鈷基化合物
4.4.3 搞混的中心金屬原子
5 無序
5.1 無序類型
5.1.1 置換無序
5.1.2 位置無序
5.1.3 混亂——一種特殊的無序
5.2 無序的精修
5.2.1 用SHELXL精修無序
5.3 示例
5.3.1 鎵亞胺基硅酸鹽——兩乙基無序
5.3.2 Ti（Ⅲ）基化合物的無序
5.3.3 按占據無序處理的共晶
5.3.4 溶劑分子無序
5.3.5 結構中三種無序共存——環正聚四苯撐
6 贗對稱
6.1 全局贗對稱性
6.2 真正NCS
6.3 示例
6.3.1 Pn還是P21/n
6.3.2 [Si（NH2）2CH（SiMe3）2]2：P1，Z=12
7 孿晶
7.1 孿晶的定義
7.2 孿晶的分類
7.2.1 缺面孿晶
7.2.2 贗缺面孿晶
7.2.3 交錯缺面孿晶
7.2.4 非缺面孿晶
7.3 孿晶檢驗
7.4 結構解析
7.5 孿晶精修
7.6 絕對結構確定
7.7 孿晶的警示
7.8 示例
7.8.1 缺面孿晶
7.8.2 贗缺面孿晶的一個示例
7.8.3 交錯缺面孿晶的第一個示例
7.8.4 交錯缺面孿晶的第二個示例
7.8.5 非缺面孿晶的第一個示例
7.8.6 非缺面孿晶的第二個示例
7.9 結論
8 贗像
8.1 什麼是贗像？
8.1.1 振動
8.1.2 縮短的三重鍵
8.1.3 氫原子位置
8.1.4 傅裡葉截斷誤差
8.2 什麼是非贗像？
8.3 示例
8.3.1 C30H47N9Zr5中的傅裡葉截斷誤差
9 結構驗證
9.1 驗證
9.2 PLATON有效性測試
9.2.1 對稱缺失
9.2.2 孔隙
9.2.3 位移橢球
9.2.4 鍵長和鍵角
9.2.5 原子類型指定
9.2.6 分子間接觸
9.2.7 氫鍵
9.2.8 連通性
9.2.9 無序
9.2.10衍射數據
9.2.11精修參數結果
9.3 何時開始驗證？
9.4 結束語
10 蛋白質精修
10.1 原子分辨率精修與標準精修的對比
10.11 各向異性位移參數
……
11 蛋白質結構的（交叉）驗證
12 總論
參考文獻
進階讀物
索引
光盤文件勘誤說明
本書詳細介紹了晶體結構精修中的常見問題及其處理技巧，采用具體示例的方式加以說明。本書使用晶體學領域內享有盛譽並廣泛使用的精修軟件——SHELXL。對小分子晶體結構精修中的加氫、原子類型指定、無序、贗對稱、孿晶、贗像等方面進行了闡述，討論了小分子晶體結構驗證的必要性和手段，同時對蛋白質等生物大分子的精修和結構驗證也進行了概述。書中每個示例的原始數據和各步精修操作的結果文件均附於隨書光盤，方便讀者自行練習使用。本書有助於促進對晶體結構精修知識的理解和運用，掌握優選的結構解析工具，提高晶體結構測定的技術水平。本書可以作為具有初步X射線晶體結構測定基礎、能運行相關軟件的入門者的進修教材，也可以作為相關研究人員的參考書。
