《石室秘錄》卷一至卷五上半部分，以治法為綱，依次列舉了一百二十八種治法。卷五下半部分論述了五行、髒腑、陰陽、晝夜、四時等十七論以及兒科診法等。卷六為傷寒、中寒、中暑、水濕、熱癥、燥癥、內傷七門，每門中分別論述了相關疾病的治法，以及血癥、腹痛、喉痛等十六種雜癥的治法。這種以治法為綱的編寫方法，是《石室秘錄（第2版）/中醫非物質文化遺產臨床經典讀本》的主要特點。陳士鐸在他的這部書中總結和記錄了他的臨證經驗，具有很高的臨床指導價值。

卷一 禮集
正醫法
反醫法
順醫法
逆醫法
內治法
外治法
完治法
碎治法
大治法
小治法
偏治法
全治法
生治法
死治法

卷二 樂集
上治法
中治法
下治法
先治法
後治法
急治法
緩治法
本治法
末治法
不內外治法
陰治法
陽治法
假治法
真治法
男治法
女治法
虛治法
實治法
寒治法
熱治法
通治法
塞治法
……

卷三 射集
卷四 御集
卷五 書集
卷六 數集

跋

《石室秘錄（第2版）/中醫非物質文化遺產臨床經典讀本》：
下治法
論腿癰多骨癰囊癰騎馬癰鶴膝風腳脛爛瘡
天師曰：下治者，乃生腿癰，多骨癰，囊癰，騎馬癰，鶴膝風，兩腳爛瘡，腳疽等項是也。囊癰，騎馬癰最難治。此皆少年人不保重，或串花街柳巷，或貪倚翠偎紅，忍精而戰，耐饑而守，或將洩而提其氣，或己走而再返其陽，或人方洩精，而我又人其戶，皆足以生此惡毒也。方用金銀花四兩，蒲公英二兩，人參一兩，當歸一兩，生甘草一兩，大黃五錢，天花粉二錢，水煎服，一劑即消，二劑全愈，潰者三劑愈，蓋此毒乃乘虛而入，必大補其血，而佐以逐邪之品，則病去如失。否則婉轉流連，禍不旋踵。與其毒勢彌漫，到後來發散，何不乘其初起，正氣未衰，一劑而大加祛逐之為快哉。方中妙在金銀花，而以當歸補血為君，人參為佐，大黃為使，重輕多寡之得宜也。
鶴膝風治法，則又不然。此又因濕而戰，立而行房，水氣襲之，故成此疾。方用黃芪八兩，肉桂三錢，薏仁四兩，茯苓二兩，白術二兩，防風五錢，水十餘碗，煎二碗，分作二服。上午一服，臨睡一服，服後以厚被蓋之，必出大汗，不可輕去其被，令其汗自干則愈。一服可也，不必再服。此方妙在用黃芪以補氣，蓋兩足之所以能動而舉步者，氣以行之也。今鶴膝之病則人之氣虛不能周到，行步自然艱難，今用黃芪半斤，則氣旺極矣。又佐之肉桂以通其氣，又佐之防風以散其邪，始相惡而相濟。又佐之白術、薏仁，以去其寒濕之氣。邪氣去則正氣自固，此功之所以速成也。若以為人不能受，畏而不用，則反害之矣。
多骨疽乃生於大腿之中，多生一骨者是，乃濕熱而生者也。治之得法，則易易耳，否則變生可畏。方用當歸一兩，金銀花一兩，白芍一兩，柴胡一錢，茵陳三錢，龍膽草三錢，白術三錢，生甘草三錢，水煎服即愈。[批]化骨至神丹。苟或失治，即長一骨，橫插於皮間作痛，必須取出此骨始愈。以鐵鋏鉗出之，外用前生肌方藥膏貼之，兩個即愈。此方妙在用白芍。蓋白芍能平肝木，又能活筋。多骨疽者，非骨也，筋變為骨，似骨而非骨也。白芍不特平肝木之火，兼能散肝木之邪，邪去則筋舒，筋舒則似骨非骨者盡化，又加金銀花原能去毒，此二味之所以相濟也。
足疽亦濕熱也。方用金銀花一兩，蒲公英一兩，生甘草三錢，當歸一兩，薏仁二兩，水煎服。一劑即愈。[批]祛濕消邪散。蓋此方妙在用薏仁為君，蓋濕氣必下受，而水流必下行，薏仁去濕而利關節之氣，金銀花去火毒之邪，助之以生甘草，則邪易散而濕易退矣。然而血虛則水氣易侵，濕邪易人。今用當歸以補其血，血足水無所侵，而濕難以人。故用之合宜，而病可速效也。
腳脛之生爛瘡，亦濕熱也。往往兩腿腐爛，臭氣難聞。若止以湯藥治之，未易奏效。先以蔥湯溫洗，後以白蠟一兩，黃丹二兩，韭菜地上蚯蚓糞二兩，炒干一兩五錢，冰片五分，潮腦三錢，麝香五分，血竭五錢，鉛粉一兩，炒松香三錢，乳香去油三錢，沒藥三錢，銅綠三分，輕粉一錢，兒茶三錢，各為絕細末。乘蔥湯洗濕之時，滲在瘡口之上，必然癢不可當，但不可用手抓其癢。少頃必流黃水，如金汁者數碗。再用蔥湯洗之，又滲又流又滲，如是者三次，則水漸少而痛漸止矣。
……

嘗稽天下事，可傳而不傳者，何可勝道。可傳而不傳，而或為人憾，或人不為憾者，何可勝化青囊書，嵇叔夜廣陵散，二者之不傳也，人恆憾之。吾獨謂有可憾，有可不憾。今夫琴雅樂備。醫，仁術也。而皆本於先王。嵇生少好音聲，長而翫之，自斯導養神氣，宣和情志，而身則不免焉，毋乃稍遠於先王之遺音乎？雖不傳奚憾。華君繼盧扁諸公而起，獨成神奇。能使痿者振，弱者強，枯者澤，瘠者肥，危者安，殤者壽，死者生。其學祖軒黃，根於《素問》、《內經》，此誠守先王之道，以待來茲，以利澤斯民也，不可不傳也。惟不傳，故憾。昔昌黎有言曰：莫為之後，雖盛而弗傳。袁孝己嘗從嵇生學琴矣，嵇吝勿與。是廣陵散之不傳，非無傳人而不傳也。華君授書獄卒，獄卒疑畏，焚之。是青囊書之不傳，時無傳人，斯不傳已。嗟乎！士生抱倜儻特達之纔，一旦激於義烈，奮不顧身，名垂宇宙，而其嘔心之所著述，曾不克留後來者之一目。此其郁勃之氣，固結乎古今人物，誰為之解，而誰為之釋。迨越數百千年，忽有好學深思如遠公陳子者，聞風而慕，誠求而得，取淹沒久遠之遺文，表章而出，更闡揚其所未發，謂非曠代一抒已哉。第指迷自呂祖，啟函自天師，辨難參訂自真人，跡近怪異，或疑其說荒渺為不可據矣。乃吾三復斯篇，立方固奇，而立論甚正。聚數賢之心思，變古今之精靈，審疾疚之幾微，定醫治之龜鋻。自來醫書亦滋多矣，譬入龍官，海藏珍寶雜陳，取舍安決。未若斯錄，開卷了然。故誠信而刊布，以傳海內，共欣賞也。方今聖人在上，恭已垂裳，過化存神。黎民固已殷動，萬邦固已協和，災旸癘疫盡為盛德大業之所銷息，然猶朝夕乾乾，軫念疾苦，慮無一夫之不獲而後即安。設是書梓而果行耶，家樋戶誦，賢智神明而通變，中材亦遵守而步趨。偶試偶效，再試再效，歷久歷試，萬不有一失焉。則所以仰佐至治者，壽世壽民，豈其微哉。夫事不能傳之無先，猶能傳之於後，後先不同，傳則一也。華君得陳子而傳矣，天師真人得華君抑又傳矣。世之覽者，不以為陳子所受之書，直以為華君未焚之書。恍乎師友晤對一堂，須眉飛動，而耳提面命而口授也。然後信青囊一書，術足以仁民利物，究不等於廣陵散之無傳也。華君在天之靈，吾知其無憾也已。